二看谷壳色。杂交水稻种子谷壳上略带不均匀的黄褐色等生理性杂色，而父本、保持系谷粒颜色较一致，保持系和其他混杂谷粒比杂交水稻种子透明度高，谷壳比杂交水稻种子光滑。
三看柱头痕迹。非杂交水稻谷粒因多属于自花授粉，雌蕊柱头不外露，柱头痕迹遗留在谷壳内部，剥开谷壳在米粒顶部可见一点浅黑色的柱头痕迹。而杂交种属异花授粉，柱头外露，仔细观察谷粒内外稃夹缝中间，可发现一点不很明显的小黑点即柱头痕迹，这是识别杂交水稻种子和其他稻粒的重要依据。
四看染色测定。方法是把稻谷壳自胚部纵切成两半，取每粒的一半洗净放入稀释成60倍液的红墨水中浸渍，1小时后取出用清水冲选，如果种胚没染色或染色较浅，证明种子有活力；若染色较深，证明种子已丧失活力。这样便可识别出杂交种子里不发芽的变质种子。
五看种子纯净度。用手抄一下种子，掌上指缝间有固体颗粒如土粒、砂粒等杂质，手指沾有细粉状物，证明种子纯净度达不到国家规定的标准（99%）.
六看种子含水量。简便的方法是用牙咬谷粒，如有尖脆响声，则含水量基本正常；若无尖脆声或谷粒断面不整齐，则种子含水量一般高于正常标准（11.5%）.
七看种子"三证"。凡有种子经营许可证、质量合格证和植保部门病虫检疫证的种子，为优质杂交水稻种子。否则为假劣杂交水稻种子。
