田间环境条件等不同可造成稻瘟病、纹枯病发病轻重差异，病害在田间点、片发生是常见现象。适用于水稻防治稻瘟病的药种主要有三环唑、稻瘟灵、异稻瘟净、咪鲜胺、春雷霉素、稻瘟酰胺、嘧菌酯、肟菌酯、烯肟菌胺等。其中，三环唑通过阻止病菌侵入而发挥作用，只有预防作用，没有治疗作用，应在发病前施用，或者在田间水稻发病初期与其他药混用保护未染病株。其他药兼有预防和治疗作用，其中稻瘟灵、春雷霉素、稻瘟酰胺等药有良好的内吸传导性，肟菌酯、咪鲜胺等药没有内吸传导性。稻瘟病病菌容易对异稻瘟净、稻瘟灵等药产生抗性。各地稻瘟病病菌对肟菌酯、嘧菌酯等药没有抗性或抗性水平低。生产上应根据水稻生育期、田间发病情况、当地稻瘟病病菌对不同药物的抗性水平等灵活选用适宜的杀菌剂，才能取得较好的预防和治疗效果。
多菌灵等药对稻瘟病防效差，不宜用来防治稻瘟病。前期用稻瘟灵、异稻瘟净等药防治效果不好的田块，病菌可能对这些药产生了抗性，宜换用春雷霉素、稻瘟酰胺、肟菌酯、嘧菌酯、烯肟菌胺等药。将肟菌酯、烯肟菌胺、咪鲜胺等没有内吸传导性或内吸传导性较差的药用于破口期防治穗颈瘟，宜将其与稻瘟灵、三环唑等内吸传导性好的药混用。施用春雷霉素后8小时内遇雨需重新喷雾施药，阴雨天多、趁雨隙施药时，不宜选用该药。
