2001年，根据国务院《关于进一步深化棉花流通体制改革的意见》，国家颁布实施了《棉花收购加工与市场管理暂行办法》，对加强棉花市场监管，维护棉花正常流通秩序发挥了重要作用。随着棉花流通体制改革的进一步深化，特别是近年来推行棉花质量检验体制改革后，原《办法》中的一些规定已不能适应形势的变化。
这次颁布的新《办法》是按照“放开收购、管住加工、规范市场、保证质量”的原则制定的，与原《办法》相比有三个特点：一是彻底放开棉花收购。对棉花收购原则上不再实行资格认定。明确棉花收购者要承担明码标价、按国家标准和技术规范收购棉花等义务。二是提高市场准入门槛。适应棉花质检体制改革的要求，新《办法》提高了市场准入标准和加工资格认定审批条件，有利于抑制棉花加工能力的盲目扩大。三是统一资格认定标准。同时，按照《行政许可法》的有关规定，统一了棉花加工资格审核认定程序。
《办法》的颁布实施，有利于搞活棉花流通，打破地区封锁，加强市场和质量监管；有利于淘汰一批规模小、设备差的棉花加工企业，实现棉花加工业的升级换代，促进产业升级和规模化经营；有利于推进棉花质量检验体制改革，进一步深化棉花流通体制改革。
