在杀菌剂使用当中应注意的一个问题，就是针对在农业生产上为害巨大的霜霉、疫霉、腐霉病害，如瓜果腐霉、马铃薯晚疫病、番茄晚疫病、十字花科蔬菜霜霉病、玉米霜霉病、瓜类霜霉病、苋菜白锈病等等，也必须使用对应的农药。
在众多杀菌剂中能够专门防治霜霉、腐霉、疫霉的药剂并不多，包括三乙磷酸铝、恶霜灵、甲霜灵、烯酰吗啉、氟吗啉、霜霉威、霜脲氰等。在被称作广谱杀菌剂的药剂中，对霜霉、腐霉、疫霉有一定地兼治效果的也只有十几种，包括波尔多液、氢氧化铜、氧化亚铜、福美锌、福美双、代森锰锌、丙森锌、代森铵、敌磺钠、百菌清、氯溴异氰尿酸、春雷霉素等。施用其他大多数的杀菌剂包括多菌灵、甲基硫菌灵、乙霉威、咯菌腈以及三唑类杀菌剂都不可能抑制这些病害。
其原因在于上述霜霉菌、疫霉菌、腐霉菌的有性繁殖是由藏卵器和雄精器交配而形成卵孢子，所以在分类学上都被称作卵菌。在过去很长一段时期，卵菌一直属于真菌门，但后来逐步发现除了形成卵孢子以外，还有许多方面和其他真菌有明显差异，包括：
（1）卵菌的营养体为二倍体，其他真菌的营养体为单倍体；
（2）细胞壁成分为纤维素，其他真菌大多为几丁质；
（3）细胞膜不含麦角固醇，其他真菌含麦角固醇；
（4）卵菌的赖氨酸合成途径为二氨基庚二酸途径，其他真菌为氨基己二酸途径；
（5）其他差异，包括细胞核膜和细胞器的差异，再加上不断获得的分子生物学研究结果。以至1995年出版的《真菌字典》第8版已经将卵菌独立成门，并归属于藻界。据了解，也正是上述种种差异决定了防治霜霉、疫霉、腐霉病需要选择比较特殊的杀菌剂。
