最佳施放时机百菌清烟剂的使用时机以植物发病前和发病初期为佳。具体施用时间以阴雨天以及低温的冬季使用效果最好。
适宜的用量与次数用药量应根据棚室空间的大小、烟剂有效成分含量和蔬菜的不同生育期来确定。一般棚室使用30%百菌清烟剂，其施用量每亩每次为250～300克为宜。用药次数要根据病害发生的轻重确定，发病初期，只需燃放一次烟剂即可达到防治效果；病毒发生较重时，应连续防治2～3次，施药间隔时间为7～10天。植物生长的前期，由于幼苗生长柔嫩，容易造成药害，用药量应酌情减少。另外，如在两次使用烟剂的中间，选用另外一种杀菌剂进行常规喷雾防治，则效果更佳。
科学的使用方法施用前要关闭气窗和通风口，然后采用定点放烟熏杀法，即选定几个放烟点，将烟剂均匀的放在地上(最好悬挂起来)，用香火或烟头点燃。这种烟剂是100克小袋装，大棚可以整袋使用，小棚可以将烟剂粉放在旧报纸卷成的小纸筒内，插入引火捻点燃。点火顺序是从棚里向棚口依次顺序点燃。使用有效成分含量低的烟剂，每亩分为5～6个燃放点；使用有效成分含量高的烟雾剂，每亩分为7～10个燃放点。
注意事项棚室内燃放烟剂至少要密闭闷棚4小时以上，放烟时间最好在日落前后进行，第二天即可全面打开气窗以及通风口进行通风换气。
使用百菌清烟雾剂只能在大棚或温室里进行，而且一定要关闭严实。
中棚、小棚因空间较矮小，应选择有效成分含量低的药剂，低于1.2米的小棚，不宜使用烟剂，否则易造成农作物药害。
点火不能用明火，先将烟雾摆放均匀，按从里到外的顺序依次点燃，并立即出棚，随之密闭棚室过夜，次日早晨需经充分通风后，人方可进入棚内。
使用时要注意保护好眼睛和皮肤，使用后要及时用肥皂水洗脸、洗手以及身体其它裸露的部分。
雾剂为易燃品，宜置于阴凉干燥处贮藏，并远离火源，防潮、防高温、防日晒。严禁与食物、种子、饲料混放，以防误服、误用。使用后的废弃容器要妥善安全处理。
