由于内吸杀菌剂迅速发展，不断发生防治效果下降，要加大用量，甚至药剂失效等问题接踵而来，经研究证实是因为各类病菌对某些杀菌剂产生抗性所导致的。不合理用药会使抗性的产生。
病原菌是低等生物，它们适应性强，很容易产生遗传上的突变，以利其自身的生存与繁衍。已经证实病原菌对内吸杀菌剂容易产生强抗性，若连续、长期、大范围使用某一种内吸杀菌剂，就会发生抗药现象，通过增加用药量也不生效。我国已发生灰霉菌对多菌灵出现抗性，稻瘟菌对异稻瘟净等药有抗性，大棚中黄瓜霜霉菌对甲霜灵等出现抗性。现在已对抗性问题有了解决的途径，即要用不同作用机制的杀菌剂替换使用。一种内吸杀菌剂在一个生长周期中，只限使用1～2次，最好能与保护剂轮换使用，能抑制菌株抗药性的出现与发展。同一类的农药如甲霜灵与噁霜灵，它们对菌类引致的抗性，有正交互性，所以不能用同类药轮换。
病菌中有一些是容易产生突变的，例如灰霉菌、霜霉菌、疫霉菌、青霉菌、绿霉菌、白粉菌、锈菌、稻瘟菌、梨黑星菌等，在对这些病菌为害所造成的病害开展防治时，应重视选用药剂，以及合理使用。
药害是用药不当产生化学农药对作物的伤害，一般是过量或因先后使用不同农药，也有的是某些作物品种对药物敏感，也有的因湿度高，寒冷、多雾也容易引发一些药产生对作物的伤害。对易产生药害的作物，用药应十分谨慎。
防止中毒事故。
杀菌剂中多是低毒药物，低毒不代表无毒，有许多药对人的皮肤或粘膜有刺激作用，在应用过程中要做好自身的防护有的产品属高毒品种，如克百威、涕灭威等，尽管已经制成有效成分不高的颗粒剂，但毒性依然很高，要按规程操作。新农资360提醒大家，种子经过处理(包括种子包衣)，切记不能食用，也不能作饲料，应进行妥善保管，防止误食。
