土壤消毒是一种高效快速杀灭土壤中细菌、线虫、杂草、土传病毒、地下害虫、啮齿动物的技术，能很好地解决高附加值作物的重茬问题，显著提高作物的产量和品质。它既可以向土壤中施用化学农药，也可以利用干热或蒸汽进行土壤消毒。土壤熏蒸消毒就是利用土壤注射器或土壤消毒机将熏蒸剂注入土壤中。常用的土壤熏蒸消毒剂有溴甲烷、甲醛等。
土传病害是指病原体随病残体生活在土壤中，条件适宜时从作物根部或茎部侵害作物而引起的病害。随着农业复种指数越来越高，土传病害也越来越严重。大棚中无土可换，露天种植的轮作也无地可轮换，农作物产量下降，甚至绝产。土壤消毒是解决这一难题的有效途径之一。
根结线虫的无公害防治也是土壤改良中的重要技术。
