棚室辣椒移栽以后，通常由于温湿条件适宜，极易发生根部病害，如根腐病、青枯病和疫病等，造成植株成片枯死。因此，对于这些根部病害应及早采取措施加以有效防控。
一、主要病症
1.根腐病。根腐病一般在辣椒定植后至采果盛期发生，染病植株的枝叶白天发生萎蔫，傍晚至次日凌晨恢复，反复多日后导致整个植株枯死。观察根部，病株的根及根茎部皮层呈浅褐色至褐色腐烂，而且易剥离。
2.青枯病。青枯病是一种细菌性病害，苗期症状表现不明显，定植后从主根基部开始逐步枯死，根茎的表层不变色，内部维管束变褐。
3.疫病。染病后植株根茎部初呈水渍状，后变黑褐色很快绕茎一周，病部稍缢缩，造成整个植株萎蔫枯死。
二、防治方法
1.坚持合理轮作。前茬以十字花科和豆科作物以及葱、蒜等为宜，尽量避免与茄果类、瓜类等作物连作，以有效地阻断发病源。
2.加强棚室管理。做好棚室的通风换气，调节好棚室内的温度和湿度，以控制病害发生条件；科学浇水，提倡小水浇灌或膜下滴灌，切忌大水漫灌；注意做好浅中耕，避免土壤板结，但不要过早过深培土；施肥以有机肥为主，增施磷钾肥，促进根叶稳健生长，增强植株抗性。
3.注意清洁田园。随时掌握辣椒生长状况，一旦发现病株要及时拔除，带出棚外集中烧毁或深埋，并随即清除病穴土壤，喷灌石灰水或药剂对病穴进行消毒处理，以控制病菌的传播蔓延。
4.做好药剂防治。对辣椒根部病害要早发现、早防治，要抓住发病初期及时用药防治。一般根腐病可用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液或绿亨二号500倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，7天灌1次，连续3～4次；对青枯病可用绿乳铜600倍液或70%代森锰锌500倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液浇根，每次每株浇0.5公斤，7天浇1次，连续3～4次；疫病可用50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液或72.2%的普力克水剂600～800倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，7天灌1次，连续3～4次。注意：药剂要交替使用，防止产生抗药性。
