合理配置浓度不同的杀菌剂其使用浓度都有特殊要求，配置浓度时一定要严格按照“使用说明书”操作，不可随意加大或缩小。以下是杀菌剂使用中所需要注意的七点：
一、注意使用浓度
农药杀菌剂用液剂喷雾时，往往需用水将药剂配成或稀释成适当的浓度。浓度过高会造成药害和浪费，浓度过低则无药效。对于有些非可湿性或难以湿润的粉剂，应先加入少许水，将药液调成糊状，然后再加水配置使用。
二、注意施药时间
施药时间过早会造成药剂浪费或降低药效;过迟则会造成大量病原物侵入寄主，即使喷施进行治疗，也收效甚微。
三、注意施药次数
杀菌剂一般每隔10～15天喷施1次，共喷施2～3次即可，喷后遇雨，应补喷。施用杀菌剂，应注意考虑成本，节约用药。
四、注意抗药性
长期单一使用的药剂(主要是内吸性杀菌剂，如恶霉灵)，会使病原菌产生抗药性，使药剂常规用药量无效，增加防治难度。为了避免抗药性的产生，要交替使用不同类型的药剂，如内吸性药剂和传统杀菌剂混合使用等。
五、注意合理混用
一般遇碱性物质易分解失效的农药，不能与碱性农药混用。例如，碱性杀菌剂波尔多液、石硫合剂等不能与1605、乐果、敌敌畏等混合使用，否则会产生化学反应。可引起药害的药剂也不能混合使用。有少数农药混合后可起到增效作用。例如，乐果(中性)与碱性杀菌剂(如代森锌、可施性硫磺、胶体疏等)混用，药效不仅不会受到影响，反而会略有提高。
六、注意施药质量
喷药量要适当，施药量过少，不能对植株各部位进行周密的保护;过多则易，造成药害并造成浪费。施药要雾点细匀，喷布均匀，对植株的正面、反面都要喷到。
七、注意药害问题
施药对植株造成药害的原因有很多，水溶性较强的药剂容易发生药害。不同作物对药剂的敏感性也有所不同，例如，波尔多液一般不会造成药害，豆角、马铃薯、棉花等则对石硫合剂敏感，容易造成药害。作物的不同发育阶段对药剂的反应也有所不同，一般幼苗期和孕穗开花期容易发生药害，要慎用。此外，药害与天气、气象条件也有关系。
注意以上七点杀菌剂的使用方法，并且谨慎药物混用杀菌剂不少为碱性农药，故不能与遇碱性物质易分解失效的杀虫剂混用，如波尔多液、石硫合剂等呈碱性。
