菠菜根腐病主要危害幼苗，成株期也能发病。发病初期，仅仅是个别支根和须根感病，并逐渐向主根扩展，主根感病后，早期植株不表现症状，后随着根部腐烂程度的加剧，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，地上部分因养分供不应求，在中午前后光照强、蒸发量大时，植株上部叶片才出现萎蔫，但夜间又能恢复。病情严重时，萎蔫状况夜间也不能再恢复。此时，根皮变褐，并与髓部分离，最后全株死亡。该病常与沤根症状相似，属真菌病害。病菌在土壤中和病残体上过冬，一般多在3月下旬至4月上旬发病，5月进入发病盛期，其发生与气候条件关系很大。苗床低温高湿和光照不足，是引发此病的主要环境条件。育苗地土壤粘性大、易板结、通气不良致使根系生长发育受阻，也易发病。另外，根部受到地下害虫、线虫的危害后，伤口多，有利病菌的侵入。在此环境下，不仅采取播种、扦插的草本花卉易受害，采取扦插、分株、压条繁殖的月季、木芙蓉、扶桑等木本花卉也易发病。
农药防治可选用98%恶霉灵可湿性粉剂3000倍液、64%杀毒矾M8可湿性粉剂600倍液、72.2%普力克水剂600～800倍液、69%安克可湿性粉剂3000倍液、80%山德生可湿性粉剂600～800倍液、1.5%多抗霉素可湿性粉剂150～200倍液、50%多菌灵可湿性粉剂600～800倍液等喷雾，每7～10天一次，连续防治2～3次。
