大棚辣椒在开花结果期，经常会出现烂果现象，且发生较为严重，其发病和发生原因很多，在生产中应对症防治。主要有：
1、灰霉病引起的烂果。灰霉病主要发生于辣椒幼果期，发病初期，幼果顶部或蒂部出现褐色水渍状病斑，后凹陷腐烂，呈暗褐色，表现出现灰色霉层。
防治方法：(1)加强通风管理。上午棚内保持较高的温度，使棚顶露水雾化;下午适当延长通风时间，以降低棚内湿度;夜间要适当提高棚温，减少结露。(2)拔除病株。病后，要及时摘除病叶、病果，拔除严重的病株，集中烧毁。(3)药剂防治。发病后，选用50%速克灵2000倍液或50%扑海因1500倍液喷雾，隔5-7天喷一次，连续防治2-3次;如棚内温度低、湿度大时，可用一熏灵烟雾剂连续或交替熏蒸2-3次，效果更佳。
2、软腐病引起的烂果。病果初生水浸状暗绿色斑，后变褐软腐，具恶臭味，内部果肉腐烂，果皮变白，果实失水后脱落或挂在枝上。软腐病属细菌性病害，病菌通过雨水或灌溉水及操作工具传播，染病后病菌又可通过烟青虫传播。
防治方法：(1)大棚加强通风，防止湿度过高。四周开好排水深沟，以免雨后积水，降低地下水位，减少发病机会。(2)采用10%吡虫啉1000倍液或5%抑太保1000倍液杀灭烟青虫。(3)雨前雨后及时喷洒77%可杀得600-800倍液和150ppm农用链霉素。
3、疫病引起的烂果。疫病从辣椒苗期到结果期都有发生，是造成辣椒花、叶、果调落的主要病害。烂果多数从蒂部开始，发生初期病部产生水渍状暗褐色斑点，病部和健部有明显的界限，后迅速变褐软腐;湿度大时表面长出白色霉层，果实干缩后残留在枝上，不易脱落。
防治方法：(1)加强田间管理，注意通风透光，防止湿度过大，栽培中要与十字花科蔬菜轮作，避免与瓜类、茄果类蔬菜轮作。(2)选用%64杀毒矾50倍液或50%甲霜灵锰锌800倍液，喷洒与浇灌相结合，隔7天用1次，连用2-3次。
4、炭疽病引起的烂果。整个结果期都有发生，结果中后期发病较重。初呈水浸状黄褐色圆斑，边缘褐色，中央灰褐色，斑面有隆起的同心轮纹，常密生小黑点。潮湿时，病斑表面溢出红色黏稠物;干燥时，病部干缩成膜状，常开裂露出种子。
防治方法：(1)种子消毒。(2)加强田间管理，避免栽植过密，适时剪去一些下部的老叶，以利通风透光，雨季注意开沟排水，避免田间积水，防止果实日灼。(3)选用农药70%甲基托布津600-800倍液或75%百菌清800倍液，隔5-7天喷1次，连用2-3次。
