辣椒条斑病毒病，辣椒条斑病毒病主要以预防为主，其方法主要从以下几个方面着手：一是磷酸三钠溶液浸种。在播种前先将种子放在25～30℃的水浸泡3～4小时，后将种子放在10%磷酸三钠(即1两磷酸三钠兑9两水)边搓边泡20分钟，捞出清洗种子后再进行播种或催芽，可钝化病毒。二是防虫。病毒病是通过带毒汁液进行传播的，而一些传毒害虫正是引发病毒发生的传染源，因此，在管理上一定要防止蚜虫、白粉虱等传播病毒对于虫害除喷农药防治外，还可再育苗时或定植后安装上30目的防虫网防止传毒害虫的入侵。再就是注意一下农事操作，严防人为传播病毒。
辣椒疫病，死棵、烂棵、烂茎现象发生。苗期、成株期均可发病，为害茎叶果实。苗期发病茎基部呈暗绿色水浸状软腐或猝倒，即苗期猝倒病；有的茎基部呈黑褐色，幼苗枯萎而死；叶片染病，病斑圆形或近圆形，边缘黄绿色，中间暗褐色；果实染病始于果蒂部，初生暗绿色水浸状斑，迅速变褐软腐湿度大时表面长出白色霉层，干燥后形成褐色僵果，残留在枝上。茎和枝染病，病斑初呈水浸状，后出现环绕表皮扩展的褐色或黑褐色条斑，病部以下枝叶迅速凋萎。这种病害重茬时易发病，浇水越多发病越重。防治方法：一是提前预防，定植前，每亩用5～6公斤敌克松或乙磷铝锰锌掺土撒于土壤内，进行土壤消毒。再是灌根。若发现植株萎蔫，茎基部水浸状呈黑色，早晚能恢复，反复几日后死棵。发现疫病后，应少浇水或不浇水。可采用普力克和一铜天下喷淋灌根，每株灌根0.5斤，隔7天灌一次，连续2次，不能疏漏。
