国内种子处理剂历经引进、学习、复制、创新等过程，在促进种苗期有害生物方面业绩辉煌，但种子处理剂依然有许多弊病和风险有待解决。黑龙江省农垦总局研究员王险峰指出，种子处理剂在环境影响下对作物安全性差、对有害生物控制时间短、药效差等问题亟待解决。
南京农业大学周明国教授曾研究发现，含多效唑、抑霉唑、三唑醇、三唑酮、丙环唑等三唑类成分的种子处理剂存在降低出苗率，令幼苗僵化，甚至抑制地上部分伸长的风险。而因种子处理剂发生药害的案例也屡见不鲜，2005年呼伦贝尔农垦局谢尔塔拉农场3,000亩大麦用6%戊唑醇种子处理剂拌种，严重抑制出苗和幼苗生长，全部绝产。同年在黑龙江省拜泉县使用含有隐性成分三唑酮35%多•克•福种子处理剂，近万亩大豆受药害，严重抑制幼苗生长。
“在种子处理剂中混入微量元素是个误区。”王险峰指出，锌、铁、锰、硼、铜、钼、氯等称为微量养分元素，其主要来源是土壤，作物微量元素缺失的原因是土壤本身含量偏低，或有机肥施用偏少，“从种子上做手脚，不仅会造成营养不平衡，甚至会令作物微量元素中毒。”
对此，北京明德立达农业科技有限公司徐妍博士对研发种子处理剂的企业提出了几点建议，应从有效含量的酸碱度、相关杂质、低温贮藏稳定性、热贮藏稳定性、2年常温测试、热贮藏转常温、黏附度等方面循环测试，充分保证产品的稳定性和有效性，再进行大田试验和推广，这是每一家制造种子处理剂企业的职责所在。
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