任何除草剂在大量使用之后都会或多或少的出现抗性杂草，草甘膦这几年的普遍使用，也出现了大量的草甘膦抗性杂草，国际上目前没有非常好的办法解决草甘膦抗性杂草
目前世界上公认的草甘膦抗性杂草有长芒苋、具瘤苋、芒稷、两耳草、牛筋草、小飞蓬、野塘蒿、豚草、三裂叶豚草、瑞士黑麦草、多花黑麦草、长叶车前、猩猩草、假高梁、类黍尾稃草。 我国草甘膦抗性杂草主要有问荆（节节草）、李氏禾（游草）、田旋花、刺耳菜、小飞蓬、竹叶草、黄鹌菜等，它们在全国各地的抗性水平表现不一。 众所周知，经常使用同种类农药，病害虫和杂草将会产生抗药性，近几年，在巴西、阿根廷和美国，草甘膦抗性杂草的出现越来越频繁，现在很是需要有新的农药产品或者管理技术来解决目前的现状。
巴西大豆农业研究公司研究员FernandoAdegas指出，这些杂草在田间出现后，即使数量很少也具有高度的损害风险。例如，小白酒草（小蓬草属），在平均每平方英尺的土地上长到六英尺高时，就足以令大豆产量减产50％。
Adegas称，耐受草甘膦转基因作物的普及加剧了草甘膦的使用，从而产生了问题。草甘膦是一个很好的技术，但是当一个机制开始被大规模使用时，就可能造成抗性植株的出现。
私人研究显示，在美国近2800万公顷大豆、玉米和棉花作物面临抗性杂草问题，相当于美国三种作物种植面积的28％。研究人员在总共148种能耐受任何类型除草剂的杂草中，已经确定有14个不同的物种能够抗草甘膦。
巴西圣保罗大学研究人员PedroJacobChristoffoleti教授指出，美国的抗性问题也凸显了巴西草甘膦抗性杂草增多的问题，但目前还没有太多的选择来防除这些杂草。
研究者估计至少30％的巴西大豆种植（约900万公顷）面积面临抗性杂草问题，主要聚集地区横跨至少八个州（巴拉那州，圣卡塔琳娜州，南里奥格兰德州，南 马托格罗索州，马托格罗索州，戈亚斯，圣保罗和米纳斯吉拉斯州）。技术人员已经在总共33能耐受任何类型除草剂的杂草中，确定了6种能耐受草甘膦。
在寻找替代品方面，Christoffoleti表示有三种方法。第一种方法是草甘膦与其他除草剂混合使用，但对生产者来讲相当昂贵。另一种选择是轮种草 甘膦抗性品种和常规品种。最后，另一种方法是开发能耐受多个农药的堆叠性状转基因品种。虽然在今天，这可能意味着增加了额外的成本，但长期来看，最终会获 得更大收益。
专家PedroJacobChristoffoleti教授指出了一些办法来解决解决草甘膦抗药性，提高作物的产量。
