使用化肥的庄稼对江河湖海产生的面源污染目前在国内已十分严重，而政府部门也正在积极推进有机肥替代化肥的行动，但收效甚微。这除了农民需要认知时间外，还有与国家扶持有机肥产业发展的政策缺失有关。
江苏省是国内有机肥推行较为不错的地区，即使每年在省政府补贴农户每吨150元的情况下，全省一年也只有40万吨的有机肥的使用量，相比与化肥数百万吨的年使用量，有机肥还只是杯水车薪。江苏省为了治理太湖流域面源污染问题，省政府还采用了对有机肥进行统一招标，但普及难度依然很大。
南京土壤肥料协会会长梁晓辉认为，造成当前有机肥普及难的原因是：
一是有机肥不能像其他大宗化肥品种那样享受铁路优惠运价。目前，有机肥料业为微利行业，盈利空间很小，如果改由公路运输，运输半径较小。
二是有机肥生产成本高，电价没有享受优惠政策。
三是长期以来，优质农产品往往卖不出优价出来，严重影响了农民使用商品有机肥生产优质农产品的积极性。
四是新建有机肥加工企业难度很大。由于近郊的开发，有些靠近城郊的有机肥企业需要搬迁，可是很多地方租地又不能盖生产厂房，盖厂房需要到开发区去买地，而开发区的土地很贵，投资强度要求又高，还要求每亩完成较高的税收指标，它们不欢迎有机肥企业进入。但如果在养殖密集的区域没有处理畜禽粪便等有机废弃物的有机肥厂，那么还会导致畜禽粪便污染环境的恶性循环。
梁晓辉呼吁，政府部门应尽快出台相关的产业扶持政策，以便该产业能健康良性的发展。（南焱）
