2013年1月5日—6日，首届“清华三农论坛”在清华大学隆重举办。陈锡文作题为“三农的新阶段、新机遇、新挑战”的报告。他认为当前我国“三农”发展面临三个挑战，一是如何确保粮食和其他主要农产品(5.77,0.00,0.00%)的有效供给；二是农村经济体制和管理体制的创新与变革；三是城镇化质量的提高。
三农论坛共分为五个单元，包括开幕式、学术研讨会、工作交流会、主题演讲会和清华大学中国农村研究院(以下简称农研院)指导委员会暨学术委员会2012年会。中央农村工作领导小组副组长、办公室主任、农研院院长陈锡文，国务院侨务办公室主任李海峰，中农办原主任、中国扶贫基金会会长、农研院指导委员会委员段应碧，中国烟草学会副理事长、农研院指导委员会委员潘家华，正大集团董事长、农研院指导委员会名誉主任谢国民，清华大学副校长邱勇等领导出席论坛开幕式。陈锡文、李海峰、谢国民、邱勇共同启动了“清华三农论坛”。开幕式由国务院发展研究中心副主任、农研院副院长韩俊主持，邱勇、谢国民在开幕式上分别致辞。
陈锡文作了题为“三农的新阶段、新机遇、新挑战”的报告。他指出，全面建设小康社会，最艰巨最繁重的任务在农村，党中央提出要把“三农”问题作为全党工作的重中之重。从这个意义上来讲，解决好“三农”问题和能不能建成小康社会有着非常紧密的联系。通过城乡一体化途径从根本上解决“三农”问题，大方向已经明确，“三农”改革发展进入新阶段，面临新的机遇和挑战。他认为当前我国“三农”发展面临三个挑战，一是如何在经济快速增长、人口迅速城镇化、全面建设小康社会整体步伐加快的情况下，确保粮食和其他主要农产品的有效供给；二是农村经济体制和管理体制的创新与变革；三是城镇化质量的提高。
清华大学国情研究院院长、农研院学术委员会副主任、首席专家胡鞍钢，中国科学院农业政策研究中心主任、农研院学术委员会委员、首席专家黄季 ，世界银行[微博]高级农业经济学家、农研院学术委员会委员李果分别作了“四化同步破解四元结构：走向一体化”、“中国过去和未来食物安全与战略选择”、“中国：城镇化过程中土地问题的思考”的主题演讲。
来自国家发改委、财政部、农业部、国务院发展研究中心等部委及研究机构的有关领导和专家学者在论坛上发言，围绕“农村基本经营制度”、“农村土地管理制度”、“农业支持保护制度”、“现代农村金融制度”、“城乡经济社会发展一体化制度”和“农村民主管理制度”六大主题展开研讨。韩俊发言指出，家庭经营在任何时候都是农业最基本的经营形式，家庭经营与农业现代化也不存在实质性的矛盾，在管理和具体模式上要进行适合国情、地情和农情的创新。此外，专家们从历史经验、现实国情、实地调研和试验进展的角度对完善中国农业农村改革发展的制度和政策发表了观点，并提出相关政策建议。
来自中国人民大学、中国农业大学[微博]、南京农业大学、浙江师范大学、上海交通大学[微博]等20余家高校涉农研究机构的负责人和代表参加了工作交流会。交流会由清华大学公共管理学院党委书记、农研院副院长孟庆国主持。参会代表介绍了各自机构的工作情况，并就联合开展调查研究和人才培养等方面的合作达成了建设性意见。
农研院指导委员会暨学术委员会2012年会由陈锡文主持，清华大学副校长、农研院学术委员会副主任谢维和出席年会并讲话。会议讨论通过了《清华大学中国农村研究院2013年工作计划》，审议通过了农研院学术委员会委员增补名单，并听取了委员们对农研院建设和2013年工作开展方面的建议。
“三农”领域的领导和专家学者，涉农研究机构负责人和代表，农研院指导委员会委员、学术委员会委员、清华大学有关院系师生，媒体代表等200余人参加了论坛。
“清华三农论坛”由清华大学中国农村研究院主办，每年在中央农村工作会议之后举办，旨在加强农研院与国内相关涉农研究机构的合作，促进“三农”研究成果的交流。论坛同时作为农研院年会，期间举办农研院指导委员会暨学术委员会全体会议。
