我国化肥流通体系的发展大致经历了三个历史时期：完全计划管理阶段、计划和市场管理相结合阶段、市场资源配置阶段。化肥产业政策的演变必然包含了化肥产业优惠政策的演变，所以理清了化肥产业政策的演变，也就理清了化肥产业优惠政策的演变。
化肥产业优惠政策的演变历史与现状
分配政策：新中国成立后，国家对化肥的流通实行统一计划、集中管理，从而催生了分配政策及专营政策的产生。随着农业政策、农产品价格等因素的变化，分配政策于1998年以后被彻底取消。
价格政策：经过“三种价格”、“双轨制价格”、“政府指导价格”政策、“限价政策”直至“市场调节价”。
税收政策：税收政策是调整化肥流通体系健康发展的重要举措，税收政策先后有较大的变动。
运输政策：早期的分配政策和价格政策中，包含了关于化肥运输政策方面的规定，变化保留至今。
储备政策：化肥储备政策是在国家指导下的淡季商业储备，储备政策从应对突发事件发展成为一种调控化肥市场供应、平抑化肥市场价格的重要手段。
关税配额政策：关税配额政策是我国加入WTO这一特殊历史背景下，国家为保证国内化肥供需体系而出台的政策，随着一体化市场的发展，政策还会继续调整。生产环节的电价、气价等优惠政策：从政策性支持化肥生产起源，必将随着国家资源性产品的价格改革而进行大幅度的调整。
中国化肥产业政策的指导方针，随着化肥产业的发展经历了“扶持、计划管理、调整”三个阶段。
目前国家对化肥产业仍然保留了四类优惠政策：一是原料价格优惠;二是运输优惠;三是税收优惠;四是淡季储备贴息政策。
为充分发挥市场配置资源的基础性作用，保护农民利益，保障国家粮食安全，经国务院批准，决定推进化肥价格改革，建立以市场为主导的化肥价格形成机制。在此政策取向下，国家有关部门对化肥产业优惠政策的调整，提出了分三步走的方案：第一步，结合铁路货运价格和天然气价格的调整，最终实现计划内、计划外天然气价格并轨;第二步，取消优惠电价，取消铁路优惠运价;第三步，取消增值税优惠。这种调整已经开始实施。
化肥产业优惠政策调整的相关背景
氮肥及磷肥从短缺到平衡、从平衡到过剩局面的形成。随着化肥工业快速发展，我国氮肥、磷肥的产能已从短缺到过剩，预计还将大量长期过剩。以尿素为例，2010年产能将过剩1600万吨。氮肥及磷肥从短缺到平衡、从平衡到过剩局面的形成，而且是在低化肥利用率情况下的过剩，客观上为化肥产业取消优惠政策，进行市场化改革提供了可能。
另外，化肥产业优惠政策出现了诸多负面效应。过量施用化肥、化肥平均利用率过低的重要原因是化肥价格偏低。享受着多种优惠政策的中国化肥产业，向中国农民提供着相对低价的化肥(尤其是氮肥、磷肥)产品。农民不愿意改良施肥方法和减少施肥量。如果减少或取消对氮肥生产和流通行业的财政补贴和税收优惠，而将化肥成本和价格适当提高，还原化肥的商品属性，则应该会使农民更重视施肥方法的改进，并更合理、节约地施用化肥。
限价政策的效果不佳。回望中国化肥市场的发展历程，在“看得见的手”和‘看不见的手”的较量中，化肥高价时候限不住.低价的时候限价又没有意义，农民并没有因为限价得到真正的实惠。在市场经济环境下，只有化肥价格的市场化才是化肥企业完全解放的根本出路。
加入世界贸易组织的影响。中国2001年加人世界贸易组织做出了四个方面的承诺，即降低关税、减少和消除非关税壁垒、农业方面的承诺和服务业的开放。截至2010年，中国的所有承诺已全部履行完毕，建立起了符合规则要求的经济贸易体制，成为全球最开放的市场之一。
而市场化的形成，也必将推进化肥产业的市场化进程，助推化肥产业优惠政策调整。
“化肥国六条”的出台。“国六条”的推出，适时将化肥价格由政府指导价改为市场调节价，取消对化肥生产流通的临时价格干预措施。虽然暂时保留对化肥生产用电、用气、铁路运输价格的优惠政策和税收优惠政策，但随着进出口调控、提高粮食收购价、商业淡储、农民直补等政策基本的完善，形成以市场为主导的化肥价格形成机制。
天然气和电力等资源价格改革的大背景。天然气和电力产品具有资源和能源的双重属性，市场化改革的迫切性尤为突出。对化肥企业来说，气价改革或电价改革都意味着涨价，都意味着与市场接轨。
政策是时代的产物。化肥产业政策也在不断地调整，这种调整必然有其价值取向。如果认真梳理，化肥产业政策调整的脉络是清晰可循的。化肥生产流通环节的优惠政策为保证国内化肥供应、服务中国农业所作的贡献不容置疑，但是综合考虑能源战略、环境保护、节能减排和农业可持续发展，这些有“计划性”特色的优惠政策逐步减少直至取消的方向却越来越明晰。对于一个产业的生命力，产业政策的影响是决定性的。
