施用时要尽量减少微生物的死亡，菌肥要避免阳光直射，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。菌肥不可与有害农药、化肥混合施用。
创造适宜的土壤环境，酸性土壤应中和土壤酸度。土壤过分干燥时，应及时灌浇，大雨后要及时排除田间积水，改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。针对性地补施微生物必须的矿质营养。
因地制宜推广应用微生物肥料 根瘤菌肥料增产效果明显，可在豆科作物上广泛应用。对其它微生物肥料，应探索不同菌肥的效应，施用量、施用方法逐步推广。
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