对苗木苗圃施肥最基本最有效的方法是“因土施肥”，即根据土壤的性质，采用不同的施肥方法，施用不同的肥料。具体说来就是注意以下三点：
一要根据土壤的保肥能力和供肥特点施肥肥料。一般来说，凡是土壤比较粘重，有机质含量就比较高，保肥力也比较强，即使一次施肥较多，养分也不至于流失；反之，土壤属砂性，有机质含量较少，保肥能力相应较弱，在这种土壤上施肥，每次用量不宜过多，应注意“少吃多餐”，分次施用。但土壤的供肥特点也各有不同，如肥壤土保肥能力强，肥劲长而稳，这种土壤一次施肥可多些，次数可少些；而砂性土壤保肥能力较差，前期供肥充足而后劲不足，对此应注重后期供肥。
二要根据土壤中各种养分的多少选择肥料和决定施用量。土壤中的养分状况，不仅与土壤成母质有关，还与土壤耕作制度有着直接或间接的关系，一般来说，如前茬是一年生苗木一般土壤中的氮素比较多，但应注意增施磷、钾肥。而前作是多年生苗木则土壤中养分消耗量大，应注意增施养分充足的有机肥料，并保证氮、磷、钾肥，尤其是氮肥供给。
三要根据土壤的酸碱性选择施用化学肥料。酸性土壤应选择碱性肥料，如氨水、碳铵、钙镁磷肥等，碱性土壤应选择酸性肥料，如过磷酸钙、硫酸铵等，以避免土壤变得过酸或过碱，确保苗木对养分的有效吸收和利用。
