生产无公害慈姑必须确立准确的施肥量和施肥方法。
依据研究，要使慈姑亩产达1000—1500公斤，在肥料配比上，亩用纯氮24。5公斤、五氧化二磷12。4公斤、氧化钾14。6公斤。增长磷钾肥和中微肥的用量，增施高效生物有机肥和腐植酸配方肥黑丰佳，有助于提高慈姑产量。
施足基肥亩用生物有机肥80公斤、尿素15公斤、过磷酸钙50公斤。如果泥土严重缺少中微量元素，还应每亩加施有机中微肥10公斤。
分次追肥第一次追肥在定植后10天，亩施黑丰佳40公斤、碳铵25公斤，以增进慈姑快捷发棵。第二次追肥在定植后30天，通常亩施尿素10公斤、硫酸钾或氯化钾15—20公斤；若土质差、苗情弱，可恰当增长尿素施用量，但此期要节制茎叶徒长。第三次追肥在抽生球茎（结姑）时（定植后60—80天），亩施尿素20—25公斤。这是一次关键施肥，目标是增进结姑。
每次追肥时将田间水层放浅到1—2厘米深，以提高肥效；施用黑丰佳，最好采取扒塘穴施的方法，不宜撒在表土上；如果泥土贫瘠，可恰当增施氮肥。
