从目前大棚施肥的现状看，在番茄生产中普遍存在着少施或不施有机肥，而单靠施化肥求增产的偏向，缺钙问题尤其值得重视，是构成脐腐病发生的外因。
如何预防脐腐病的发生，首先要从番茄营养特点讲起：其一，番茄产量高，需肥量大，采收期长，需要边采收边补充养分。其二，番茄对钾、钙、镁的需求量比较 大。它对于这几种主要养分元素吸收量的大小排列顺序为钾>钙>氮>磷>镁。在果实膨大期，如果缺乏钙容易发生脐腐病。因而在施肥 上应注意以下几点：
重视苗期施肥做到“胎里富”，最好施用有机肥加化肥。化肥的施用要控氮增施磷钾肥的比例，尤其磷肥品种以选用 普钙或钙镁磷肥为优。
基肥应深施，除了施有机肥以外，配合适量(35～40公斤/亩)的三元复合肥，复合肥不要过分突出高氮型。在不施有机肥的情况下，化肥品种不要选择高氮型复合肥，最好要选择单质氮肥加普钙磷肥，钾肥用硫酸钾或氯化钾都可。酸性土壤地区磷肥以选择“钙镁磷肥”为佳。
追肥以少量多次的原则，每次氮素不超过5公斤，肥水配合，一般追施3～4次。追肥主要施用氮钾肥。追肥时期分第一果膨大期的催果肥，第二、三穗果膨大期的 壮果肥。进入盛果期后，根系衰弱吸肥能力下降，既可追施氮钾肥，也可以采用根外喷肥的方法，喷施磷酸二氢钾、硝酸钙、硼砂和尿素等成分的水溶液。
