与中医有“望闻问切”四诊法一样，生物有机肥也有辨识技巧，如看外观、闻气味：粉剂产品应松散、无恶臭味；颗粒产品应无明显机械杂质、大小均匀、无腐败味等。
首先判断腐熟程度。丁栓强介绍，拿一只玻璃杯，取30-50g生物有机肥放置其中，再倒入100ml清水，用玻璃棒或细木棒搅拌1分钟，将其放在光线明亮处静置10分钟，便可通过观测杯中的沉淀来区分生物有机肥中的杂质含量。水溶液颜色越浅，则肥效越差(浅色、浅黄色肥效低；褐色肥效佳)。
同时，若1小时内水溶液完全变褐色，说明该生物有机肥腐熟过度，肥效有速效无后效，作物生长中后期会脱劲；而如果1天后水溶液变化不大、颜色浅，则只能证明该产品肥效差。最理想情况是，水溶液慢慢变深，1天后完全变成褐色，那么该生物有机肥迟速效兼备，肥效好。
另外，还能通过一些方法检验其效果。农户可以把肥料放在潮湿阴凉的地方，如水池旁，好的生物有机肥很快就长出白色的菌体，那是菌种遇到适合的环境快速繁殖的体现，白色的菌体越多、出现的速度越快，说明肥料中的菌种成活率越高、菌种生命力越强，生物有机肥的功效就越好。
不过，就算是菌种丰富的生物有机肥，在施到土壤中之后也不能确保“万无一失”。广东金饭碗有机农业发展有限公司员工郭少萍介绍，要得到满意的效果，还要保证土壤中的水分。“如果土壤太干，菌种便很难生长繁殖，尤其在7-8月份等高温时节，因此每次施完之后必须浇水。”
