一、注意产品质量
对所购产品进行仔细观察、检查，并注意以下各项：液体肥料的沉淀与否、浑浊程度;固体肥料的载体颗粒是否均匀，是否结块;生产单位是否正规，有否合格证书等。如能对厂家进行了解和咨询有关专业人员则更好。
二、注意贮存环境
一般生物肥料耐低温能力强，但抗高温能力弱，除观察商家贮存场所的环境条件外，购回的肥料也有一个短期贮存问题，如不得阳光直射、避免潮湿、干燥通风等。
三、注意及时使用
生物肥料的有效期较短，即使是复合型固体肥料，也不宜久存，一般可于使用前2个月内购回，若有条件，可随购随用。
四、注意合理施用
要根据生物肥料的特点并严格按说明书要求施用，尤其涉及喷施浓度、作业器具、施用时间等问题时，必须严格操作规程。
五、注意与其他药、肥分施
生物肥料一般为酸性，并且在其微生物大量繁殖前群体弱小，易被杀伤或杀死，尤其在施用杀菌药物、化学肥料时，如同时施入，则两败俱伤，在没有弄清其它药、肥的性质以前，最好将生物肥料单独施用。
六、注意施用的连续性。
除基肥外，喷施生物肥时，效果当在数日内即较明显，此后能延续十几至几十天，随着微生物的长期暴露，尤其是高温条件的不适等，微生物群体衰退很快，因此，应予及时补施，以保证其效果的连续性和有效性。比如蔬菜生长期内，每20天左右喷施一次，果树自坐果开始至收获前20天止，期间可喷3次—5次，一般大田作物喷3次左右，即可取得较明显的增产增质效果。
