腐植酸肥料具有促进植物生长、养分缓释增效以及对土壤环境保护功能等。
对植物生长的影响
腐植酸能促进根系生长，增强根系活力，并促进分蘖数量和次生根的增加。可加速种子发芽，提高出苗率，在早春、低温下尤为显著。
腐植酸能使植物叶片气孔张开度减少，叶片蒸腾量降低，耗水量减少，水分状况得到改善，为分穗和成籽奠定基础。还能提高叶绿素含量，对于物质积累和千粒重提高非常重要。
南方早稻育秧经常遇到低温多雨天气，往往发生死苗、烂苗现象，施用腐植酸后，地温提高，秧苗素质普遍改善。北方冬小麦经常出现倒春寒，麦苗普遍受到冬害，施用腐植酸，可有效提高小麦的抗寒能力，不同程度地减轻冻害。
刺激作物的生理代谢及提高酶活性。主要表现在呼吸强度增加、光合作用增强，从而使果实提前着色成熟。
对养分的缓释增效作用
腐植酸是天然脲酶抑制剂，能减缓尿素的酶解，减少氨挥发；腐植酸中的羧基、酚羟基等基团对铵态氮有络合作用，可减少氮流失，提高氮肥利用率。
腐植酸能抑制土壤对磷的固定，提高磷在土壤中的移动距离，延缓速效磷向无效磷转化的速度，并活化土壤固定磷，提高土壤有效磷含量，提高磷肥利用率和肥效。
腐植酸有较强的阳离子交换和吸附能力，其官能团可吸收存储钾离子，使钾肥缓慢分解，增加钾的释放量，提高速效钾的含量；活化土壤钾素，提高钾肥利用率。
土壤环境保护功能
腐植酸中的羟基、羧基功能团易与土壤中的钙离子发生反应，再通过植物根系的生理作用形成土壤团粒结构，从而使土壤的空隙度相对增大，通透性更好。
利用腐植酸的酸性与盐碱土中的碱性发生中和反应的原理，可调节土壤的pH值，从而达到治理盐碱的效果。
腐植酸参与土壤中离子交换反应，把土壤中的重金属离子吸附固定，防止它们进入生物循环；能稳定土壤结构，为土壤微生物活动提供基质和能源，从而间接地影响土壤中重金属离子的活动能力。
