土壤中的有机养分和矿物营养，需要在微生物的分解作用下，才能被植物吸收。土壤微生物的活动因土壤中水、气、热等条件的变化而受到直接影响，使土壤微生物的种类和生物化学活性的强度也相应地随之改变。当土壤温度较低时，微生物化学活性较弱。大多数微生物在常温下，适宜湿度为最大持水量的60%～80%，湿度加大，空气减少，有机质好气分解过程变成嫌气积累过程。微生物情况的改变，直接影响养分的变化。只有土壤温度、湿度和空气适宜时，好气微生物活动才旺盛，才能使土壤潜在养分迅速转化成速效养分，供植物利用。超过或低于最适温度，则由于有效养分减少或缺乏，甚至在土壤空气少的条件下，嫌气微生物占优势，便会使养分朝着相反方向转化。
因此，耕作时应考虑到土壤系统内部的相互作用。在自然状况下，土壤生态是按照一定的规律保持其自身的平衡，当人为适度干预时，这种平衡在总体上得以延续，但人们对土壤生态系统干预过度时，其固有的平衡被打破，这将影响到作物生产的可持续性，导致土壤板结、酸化、病虫害加重。因此，在耕作制度上，首先采取深耕与浅耕（旋耕）相结合，隔年深耕一次，耕作层保持在25cm左右。其次施肥以农家肥、有机肥为主，复合肥、有机-无机复混肥为辅，中微量元素作为补充，其中以天然麦饭石矿物肥（欣昌农）与化学螯合态的中微肥交替施用，更有利于补充土壤中各种营养成分的平衡，形成种地与养地相结合。第三尽可能对作物实行轮作，如茄果类与豆类、茄果类与叶菜类、豆类与根菜类等轮作，通过轮作可有效地控制土传病害及线虫病的发生或危害。第四充分利用自然环境及保护地条件（抢茬），把作物生长发育的最佳时期，安排在适宜的环境阶段，经过贮存或延后（长）采收，通过科学管理获得最大的经济效益。如节能型日光温室由种植越冬一大茬，改种秋延迟和冬春茬栽培，使最寒冷季节处于作物苗期或中后期换茬阶段。对大拱棚或中拱棚，早春种植叶菜，春夏季种植茄果类或瓜类，春、秋淡季供应对提高经济效益也是个不错的选择。
