土壤改良与培肥是以秋耕为最佳施肥契机，结合耕地将各类有机、无机肥（包括各类土壤调理、处理剂）一起施入，这是最直接最有效方法。
秋季如何正确施用生物有机菌肥？但值得注意的是生物有机肥的施用，生物有机肥是有生命的肥料，其使用不同于普通有机肥，更不同于普通复合肥。正确施用生物有机菌肥使用的条件比较严格，使用中必须满足或创造微生物的生存环境，才能充分发挥其作用。因此施用时尽量减少肥料中微生物的死亡。
一、施用生物有机菌肥是应避免阳光直射菌肥，要随施随耕（既是拌种也应在阴凉处操作，拌种后要及时播种）；
二、施用生物有机菌肥是避免在高温干旱条件下使用，土壤过分干燥时，应及时造墒后施用；
三、施用生物有机菌肥是禁止与有害农药杀菌剂、大化肥和调理剂等混合一起施用；
四、施用生物有机菌肥是在酸性土壤上施用，应先中和土壤酸度创造适宜的土壤环境后再施；
五、施用生物有机菌肥是避免与未腐熟的农家肥混用，与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的作用发挥。
