由于种植黄花菜的效益较好，受益时间较长，种植的农户越来越多，面积逐渐扩大；但是，同样种植黄花菜，产量却相差很大，这除了品种选择等因素外，施肥水平不同也是其中重要的原因。应根据新植苗、老龄苗和常规苗的不同，采用不同的施肥方法。
区别苗龄，分期施肥：一是新植苗可先开好种植穴，穴宽30－50厘米，深20－25厘米，在穴内施足基肥；二是种植15年以上的老龄苗，由于植株衰老，花莛细瘦，蕾少蕾小，需要更新，挖出老弱苗后补施有机肥；三是常规苗要施好春苗肥、催苔肥和秋发肥。
科学配方，平衡施肥：为使黄花菜生长茁壮，预防病害入侵，必须讲究科学配方，平衡施肥。一是用腐熟的有机肥如人粪尿、栏粪、堆肥；二是精制活性有机复合肥，如惠满丰、地乐丹等；三是高能有机复合肥；四是无机氮磷钾肥。前三种肥料以作基肥和春苗肥为主；同时配施无机化肥。
中耕疏土，以水调水：黄花菜的稳定收期长达15年以上，每当采收以后或者大雨冲刷之后，行间容易板结，特别是土质比较贫瘠的地更易板结，影响黄花对肥水的吸收。因此，在黄花生育期间，要勤于中耕松土，出苗到花莛伸前，应浅锄3到4次，花蕾采摘结束后要深中耕，用以创造疏松环境，提高保肥保水能力；二要结合中耕施肥，减少肥料流失；三要在遇到干旱时，及时浇水，做到以水调肥，提高供肥能力。
