复合肥肥效长，易做底肥，经过加工造粒的复合肥比粉末肥分解迟缓，不易散失和挥发，肥效延续时间长，易做底肥使用，通常亩用量为30-40千克。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，避免贪青徒长。
复合肥分解较慢，留意与单质氮肥配合使用。作物幼苗期需要氮肥量较少，因此，对播种时用复合肥做底肥的作物，应依据不同作物的需肥规律，在追肥时及时弥补速效氮肥，以满足作物营养需要。复合肥浓度差别较大，应留意选择适宜的浓度，目前，多数复合肥是遵守某一区域泥土类型均匀养分情况和大宗农作物需肥比例配置而成。市场上有高、中，低浓度系列复合肥，通常低浓度总养分在25%-30%之间，中浓度在30%-40%之间，高浓度在40%以上。要因地区、泥土、作物不同，选择使用经济，高效的复合肥。通常高浓度复合肥用在经济类作物上，品格优，残渣少，利用率高。
复合肥浓度较高，避免种子与肥料直接接触或种肥混杂使用。复合肥养分含量高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5-10厘米左右，切忌直接与种子同穴施，造成肥害。
复合肥配比原料不同，应留意养分成分的使用。领域不同，品牌不同浓度复合肥所使用原料不同，生产上要依据泥土类型和作物品种选择使用。含硝酸根的复合肥，不要在叶莱类和水田里使用；含铵离子的复合肥，不宜在盐碱地上施用；含氯化钾或氯离子的复合肥不要在忌氯作物或盐碱地上使用；含硫酸钾的复合肥，不宜在水田和酸性泥土中施用。否则，将下降肥效，甚至毒害作物。
