不同种类的有机肥在库房中要单存单放，拴上标签，注明名称和化学成分，一定不要混堆混放。硫酸铵、硝酸氢铵、氯化铵和氨水等铵态有机肥，遇到草木灰、石灰和石灰氮等碱性肥料时，容易造成氮素挥发，降低肥效；硝酸铵、硝酸钠等硝态有机肥与过磷酸钙混放，会使肥料潮解，引起硝态有机肥逐渐分解，变成气体跑掉，造成不应有的损失。
有机肥在库房里要选干燥地方存放，防水防潮。有机肥一般都易溶于水，受潮或沾水后极易结块或化成液体流失掉，严重影响肥效。硝酸铵、碳酸氢铵等化肥有很强的吸湿性，极易潮解；硫酸铵、氯化铵、尿素等化肥吸潮后会结成硬块，既降低肥效，又给施用带来麻烦。贮存时必须谨防包装袋破损，不要堆积在室外，任其风吹、雪盖、日晒。在室内也要用木板垫起来，离地面0.3米以上，同一种有机肥也不要堆得太高。
有机肥要存放在低温并且避光的地方，氮肥怕热，不能与易燃易爆的物品混放在一起。
