沼肥含有丰富的有机物质、腐植酸、微量营养元素、多种氨基酸、酶类和有益微生物，是一种很好的速效肥。并且还可以减少病虫害发生，无污染、无残毒、无抗药性。沼肥既可单施，也可与化肥、农药、生长剂等混合施用。
一、沼液用于追肥
沼液用于蔬菜追肥时，从出料间提出的混合沼液，一般采用一份沼液，两份清水配好后开沟灌溉，开沟时不要伤到根系(不可直接施用，以防烧苗)，追完后待沼肥沉入土壤后，再灌一遍清水。一般每亩追肥量在1500-2000公斤。温室、大棚蔬菜使用沼液作追肥时，应严格控制用量，追施后加大放风量，以防氨气中毒。比较省事的做法是结合浇水，把沼液加入水中，随水均匀冲施。
二、沼液叶面施肥
沼液中水溶性营养成分丰富，用于蔬菜叶面施肥，收效快，利用率高，能够及时供给蔬菜生长对养分的需求。沼液在叶面追肥时，必须将提取的沼液过滤，取其清液。沼液浓度不能过大，以1份沼液加1-2份清水，幼嫩苗期浓度要适当降低，亩用40公斤即可。可直接用喷雾器喷施在各类蔬菜的叶面上，喷施时，以叶背面为主，以利吸收。春、秋、冬季上午露水干后喷洒，夏季要避开中午高温，以傍晚喷为好，暴雨前不要喷施。追肥频率掌握在7-10天1次，收获前15天停止使用。沼液叶面施肥，还会起到杀菌、灭毒、灭病、灭虫等作用，使蔬菜长势更健旺、色泽更鲜艳。
三、沼渣作基肥
秧苗移栽的蔬菜，亩穴施腐熟的沼渣2000公斤。对采用点播或大面积种植的蔬菜，基肥一般采用条施。对于瓜菜类和果菜类蔬菜，例如南瓜、冬瓜、黄瓜、西红柿等，一般采用大穴大肥的方法，每亩用沼渣2000公斤左右加上适量化肥，如硫酸钾等混合施入穴内。盖上一层厚5-10厘米的园土，定植后立即浇透水。
四、沼渣做追肥
沼渣做追肥，一般每亩用量1000-1500公斤，可以直接开沟挖穴施于蔬菜根部周围，要避免直接与蔬菜根系接触，以免烧伤根系，并覆土以提高肥效。也可结合灌水，把沼渣加入水中，随水均匀施入田中。
