肥料的种类包括：农家肥、绿肥、生物菌肥和矿物肥料。
农家肥
猪粪尿 质地细，成分复杂，木质素少，总腐殖质含量高，比羊粪高1.19%，比牛粪高2.18%，比马粪高2.38%。猪尿中以水溶性尿素、尿酸、马尿酸、无机盐为主，pH中性偏碱。
鸡粪 养分含量高，全氮为1.03%，是牛粪的4.1倍；全钾为0.72%，是牛粪的3.1倍；在堆肥过程中易发热，氮素易挥发。鸡粪应干燥存放，施用前再沤制，并加入适量的钙镁磷肥起到保氮作用。适用于各种土壤，因其分解快，宜做追肥，也可与其他肥料混用做基肥。鸡粪可提高作物的品质，是优质的有机肥。施用鸡粪的小白菜其葡萄糖和蔗糖的含量超过施用豆饼的小白菜；在葡萄上施用鸡粪，可溶性糖和维生素C的含量最高。鸡粪养分含量高，尿酸多，施用量不宜超过300000kg/hm2，否则，会引起烧苗。
马粪 纤维较粗，粪质疏松多孔，通气良好，水分易于挥发；马粪中含有较多的纤维素分解菌，能促进纤维分解；因而，较牛粪和羊粪分解腐熟速度快，发热量大，属热性肥料，是高温堆肥和温床发热的好材料。
牛粪 成分与猪粪相似，粪中含水量高，空气不流通，有机质分解慢，属于冷性肥料。未经腐熟的牛粪肥效低。牛粪可以使土壤疏松，易于耕作，对改良黏土有好处。牛粪宜加入秸杆、青草、泥炭或土等垫物，吸收尿液，加入马粪、羊粪等热性粪料，促进牛粪腐熟，为防止可溶性养分流失，在堆肥中外抹泥（7cm），加入钙镁磷肥以保氮增磷，提高肥料质量。
绿肥
绿肥的主要种类有毛叶苕子、草木樨、紫穗槐、沙打旺、三叶草、紫花苜蓿、紫云英等。
其作用包括：①增加土壤氮素与有机质含量；②富集和转化土壤养分；③绿肥作物根系发达，吸收利用土壤中难溶性矿质养分的能力很强；④改善土壤理化性状，加速土壤熟化，改良低产土壤；⑤绿肥能提供较大量的新鲜有机物质与钙素等养分；⑥减少水、土、肥的流失和固沙护坡；⑦改善生态环境；⑧绿肥覆盖能调节土壤温度，有利于作物根系的生长。
生物菌肥
以特定微生物菌种生产的含有活微生物的肥料。根据微生物肥料对改善植物营养元素的不同，可以将其分成根瘤菌肥料、磷细菌肥料、钾细菌肥料、硅酸盐细菌肥料和复合微生物肥料5类。微生物肥料可用于拌种，也可作为基肥和追肥使用。在生物菌肥中，禁止使用基因工程（技术）菌剂。
矿物源肥料
包括磷肥、钾肥、镁肥、钙肥、铁肥、锌肥、硫肥、硼肥、锰肥和钼肥等。
磷肥：按其磷酸盐的溶解度可分为难溶性磷肥、水溶性磷肥和弱酸溶性磷肥三种类型，其中水溶性磷肥是属于化肥范围，在有机农业中是禁止使用的，如过磷酸钙、重过磷酸钙；弱酸性磷肥（如钙镁磷肥、钢渣磷肥）和难溶性的磷肥（如磷矿粉等）可以作为有机农业生产中的磷肥补充。
钾肥：钾是植物生长必需的营养元素。有机肥、草木灰、天然钾盐和窑灰钾肥等都是有机农业中钾肥的来源。
钙肥：含钙的肥料包括石灰、钙镁磷肥、磷矿粉和窑灰磷肥等。石灰是最主要的钙肥，包括生石灰（氧化钙）、熟石灰（氢氧化钙）、碳酸石灰（碳酸钙）三种。
镁肥：镁肥主要来源于土壤和有机肥。土壤中镁（MgO）含量为0.1%~4%，多数在0.3%~2.5%之间，主要受成土母质、气候、风化和淋溶程度的影响，北方土壤中镁的含量均在1%以上。有机肥中含有大量的镁肥，如厩肥中含镁量为干物质的0.1%~0.6%。所以，在以有机肥为主要肥源的有机农业中，镁的缺乏不如常规农业普遍。
硫肥：主要存在于有机质中，土壤有机质含量高，含硫量也高。含硫的肥料有石膏和硫磺。石膏是最重要的硫肥，农用石膏有生石膏、熟石膏和含磷石膏三种。使用时先将石膏磨碎，通过60目的筛孔，以提高其溶解度。
铁肥：主要存在于土壤中，铁在土壤中以二价铁和三价铁的形式存在，其数量的分配与土壤的酸碱度和氧化还原电位密切相关，当土壤为碱性和氧化还原电位高时，三价铁比例高，而植物吸收的铁是二价铁，所以石灰性土壤和砂质土壤易发生缺铁现象。
锌肥：锌是植物生长的必需微量元素。由于土壤的酸碱度、有机质含量、温度和大量施用磷肥常引起植物缺锌。锌肥缺乏时植物叶片变小、叶脉间黄化，节间缩短，形成簇生小叶的现象。缺锌症状在植物间表现普遍，最敏感的作物有玉米、甜玉米、高粱、大豆、荞麦、棉花、蓖麻、番茄、烟叶、向日葵、啤酒花、甘蓝、莴苣、芹菜、菠菜、桃、樱桃、苹果、梨、李、杏、柑橘、葡萄、木瓜和咖啡等。
硼肥：硼对作物最重要的影响是促进早熟和改善果实品质，提高维生素C的含量，提高含糖量，降低含酸量；增强作物的抗逆性和抗病性。施硼肥能够降低马铃薯疮痂病、甜菜心腐病、萝卜褐腐病、甘薯褐斑病、芹菜折茎病和向日葵白腐病的发病率。
锰肥：锰是叶绿素的组成物质，促进种子和果实的成熟。在作物体中不易移动，因此缺锰症从新叶开始。缺锰的土壤主要是北方石灰性土壤。
钼肥：钼可将硝态氮变成铵态氮，促进维生C的合成，钼的供给量与土壤和农业技术措施密切相关。
