在深冬季节，给大棚蔬菜施用肥料过勤，量过大，则会造成土壤板结，瓜菜烂根、沤根、植株萎蔫等，要想改变上述不良现象，就要改良土壤，施用菌肥。冬季给大棚蔬菜施用菌肥也要遵照下面这些原则。
一、根据田间实际状况施用
对含硫高的土壤和水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌，对于水田一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
二、根据温湿度情况施用
施用菌肥的最佳温度是25℃-37℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度最为适宜。
三、不和其他农药混用
注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后再打药除草。若拌种，切忌用于已拌好杀菌剂的种子。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
四、与化肥混用时化肥用量不能过大
高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
五、不要立即全部替代其他肥料
对于多年来用化肥的田块，施用了生物菌肥后不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%。
六、提早施用
生物菌肥不是速效肥，所以，要在蔬菜的营养临界期和大量吸收期前7-10天施用效果最佳。
七、不同种类的菌肥也不宜混用
目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抑制作用还不是很清楚，若相互抑制，则会降低肥效。
