施用微量元素肥料的方法很多，根据不同的条件和目的，可作基肥、种肥或追肥。使用时可直接施入土壤，也可用于作物某个部分，例如，种子处理或根外喷施等。
1. 土壤施肥。为节约肥料和提高肥效常采用条施或穴施，但用这种方法，微量元素肥料的利用率较低。利用工业上含微量元素的废弃物做肥料时，多采用此种方法。土壤施用微量元素肥料有后效，一般可3～4年施用一次。
许多微量元素从缺乏到过量间的浓度范围相当狭窄，因此施入土壤的微量元素肥料必须均匀，或施用含微量元素的大量元素肥料，如含硼过磷酸钙，含某种微肥的复合肥料等。也可把微肥元素肥料混拌在有机肥料中施用。
2. 植物体施肥。是微量元素肥料最常用的施用方法。它包括种子处理(拌种、浸种)、沾秧根和根外喷施。
拌种 用少量温水将微量元素肥料(以下简称微肥)溶解，配成较高浓度的溶液，喷洒在种子上，边喷边搅拌，使种子沾有一层微肥溶液，阴干后播种。拌种所用肥料虽比浸种多，但种子吸水比浸种少，比较安全。拌种时微肥用量一般为每500克种子用1～3克，最好能预先做预备试验，确定最佳适用量。
浸种 种子吸收含有微肥的水溶液，肥料随水进入种皮。微肥浸种常用的浓度是0.01～0.1％，时间一般为12～24小时。
沾秧根 这是对水稻及其它移栽作物的特殊施肥方法，操作简便，效果良好。用于沾秧根的肥料应没有损害幼根的有害物质，酸碱性不可太强。
根外喷施 根外喷施是经济、有效施用微肥的方法。其用量只相当于土壤施肥用量的1/5～1/10。常用的浓度为0.01～0.1％，具体用量应随作物种类、植株大小等而定。叶片及背面的气孔都能吸收肥料溶液，因此喷施时以两面均沾湿为好。为了提高喷施的效果，一般宜在无风的下午到黄昏前喷施，可防止肥料溶液很快变干。有时还可用“湿润剂”降低溶液的表面张力，增大溶液与叶片的接触面积，以提高喷施效果。
直接向植物体施肥能节约肥料，肥效迅速，也能避免土壤条件对肥效的影响。其效果往往不低于向土壤施肥。但因所施肥料用量较小，一般只能满足作物前期生长的需要，而不能满足整个生长过程的需要。如将种子处理与根外喷施相结合，或基肥与后期喷施相结合，就能获得满意的效果。
一般对含微量元素的工业废渣或含有微量元素的大量元素肥料应采用土壤施肥的方法作基肥。它能保证较长时期内供作物吸收和利用。种子处理只能防止苗期出现缺素症状的发生。根外喷施可在发生缺素症以后，起到迅速矫正和补救某种微量元素养分的不足。应该指出，上述各种方法都是侧重某一方面，而又有不足的一面，因此如能将这些措施结合起来，相互取长补短，定能发挥良好的作用。
