微量元素肥料施用有其特殊性，如果施用不当，不仅不能增产，甚至会使作物受到严重伤害。为提高肥效，减少伤害，施用时应注意如下事项：
1．控制用量、浓度，力求施用均匀 作物需要微量元素的数量很少，许多微量元素从缺乏到适量的浓度范围很窄，因此，施用微量元素肥料要严格控制用量，防止浓度过大，施用必须注意均匀。也可将微量元素肥料拌混到有机肥料中施用。
2．针对土壤中微量元素状况而施用 在不同类型，不同质地的土壤中，微量元素的有效性及含量不同，施用微量元素肥料的效果也不一样。一般来说，北方的石灰性土壤铁，锌、锰、铜、硼的有效性低，易出现缺乏；而南方的酸性土壤钼的有效性低。因此施用微肥时应针对土壤中微量元素状况合理施用。
3．注毒各种作物对微量元素的反应选择施用 各种作物对不同的微量元素有不同的反应，敏感程度不同，需要量也不同，施用效果有明显差异，如玉米施锌肥效果较好，油菜对硼敏感，禾本科作物对锰敏感，豆科作物对钼、硼敏感。所以，要针对不同作物对不同微量元素的敏感程度和肥效，合理选择和施用。
4．注毒改善土壤环境 土壤微量元素供应不足，往往是由于土壤环境条件的影响。十壤的酸碱性是影响微量元素有效性的首要闲素，其次还有土壤质地，土壤水分、土壤氧化还原状况等因素。为彻底解决微量元素缺乏问题，在补充微量元素养分的同时，要注意改善土壤环境条件，如酸性十壤可通过施用有机肥料或施用适量石灰等措施调节土壤酸碱性，改善土壤微量元素营养状况。
5．注毒与大量元素肥料、有机肥料配合施用只有在满足了竹：物对大量元素氮、磷、钾等需要的前提下，微量元素肥料才能表现出明显的增产效果。有机肥料含有多种微量元素，作为维持土壤微量元素肥力的一个重要养分补给源，不可忽视。施用有机肥料，可调节土壤环境条件，达到提高微量元素有效性的日的。有机肥料勺无机微肥配合施用，应是今后农业生产中土壤微量元素养分管理的重要措施。
