一是因作物施用。一般说来，水稻、玉米、高粱等谷类作物需氮肥较多，可选用氮磷复合肥；豆科作物能固定空气中的游离氮，可选用磷钾复合肥；而经济作物则可选用与当地土壤、气候条件相适应的三元或多元复合肥；块根类作物（如红薯）、根茎类作物（如莲藕）宜选用含钾量比较高的复合肥；花生、芝麻、油菜、辣椒等作物要注意选用含磷量较高的复合肥；叶类蔬菜宜选用含氮量较高的复合肥；西瓜、草莓、葡萄、烟草、茶叶等忌氯作物应选用含氯量低的硫基复合肥。
二是因土施用。根据土壤供肥水平，因地制宜选择合适的复合肥配比与用量，土壤供肥水平高的可以少施。根据土壤质地，沙质土壤，保肥性差，要前轻后重，少量多次；粘重土壤应前重后轻，可一次大量施用。根据土壤酸碱性，碱性土壤宜施用酸性复合肥，酸性土壤宜施用碱性复合肥，以调节土壤酸碱度。盐渍土不要施用氯化钾型复合肥和含钠的复合肥，避免土壤含盐量的增加。
三是因养分形态施用。含铵态氮、酰胺态氮的复合肥在旱地和水田都可使用，但应深施覆土；含硝态氮的复合肥宜施于旱地。含水溶性磷的复合肥在各种土壤上均可施用；含弱酸溶性磷的复合肥在酸性或中性土壤上作基肥优于碱性土壤。氯化钾型的复合肥不宜在忌氯作物和盐碱地上施用。含磷、钾养分的复合肥，应集中施用，施于根系附近，既避免养分被固定，又便于作物吸收利用。含硫酸根离子的复合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。四是以作基肥或种肥为主。复合肥一般作基肥或种肥，特别是生育期短的蔬菜。大量试验表明，不论是二元还是三元复合肥均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。
五是深施覆土。因复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氮表施易挥发损失或雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用。
六是注意避免种子与肥料直接接触或种肥混合使用。因复合肥养分含量一般较高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗，甚至引起烧苗和烂根，因此在播种时，种子要与穴施或条施的复合肥相距5～10厘米，切忌直接与种子同穴施用而造成肥害。
七是与单质肥料配合施用。复合肥中的养分比例是固定的，只有与各种单质肥料配合施用，才能满足作物不同时期对养分的需求。
八是与有机肥配合施用。虽然现在大多数复合肥都是多元的，但仍然不能完全取代有机肥，应尽量增加腐熟有机肥的施用量。复合肥与有机肥配合施用，可提高肥效和养分的利用率。有机肥的施用，不仅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是节省能源。
