目前，我国登记的微生物肥料有三类，即生物有机肥、农用微生物菌剂和复合微生物肥料。
生物有机肥是由特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。特点是在优质的有机肥（腐熟后）中，再添加功能微生物，有粉剂和颗粒两种剂型。
农用微生物菌剂是由一种或一种以上的功能微生物（有效活菌）经工业化生产增殖后直接使用，或经浓缩或经载体吸附而制成的活菌制品。特点是菌数高，用量少，有液体、粉剂和颗粒三种剂型。
复合微生物是指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质（氮磷钾等）复合而成的活菌制品。特点是含有功能菌、氮磷钾养分和有机载体组成，平衡肥料的速效与长效供给需求，有液体、粉剂和颗粒三种剂型。
