长期使用沼肥，可以疏松土壤，有利于土壤微生物的活动和土壤团粒结构的形成，增加土壤有机质含量，丰富土壤氮、磷、钾养分，激活土壤中的微量元素和微生物。实践证明，沼肥既是优质的有机肥料，又是良好的土壤改良剂。
沼肥肥效
改良土壤 沼肥中特别是沼渣含有较多的腐植酸，能产生持续的效果。施用沼肥后，土壤中自然团粒总数增加1.5～3倍，其中水稳性团粒增加8.5%～20.5%，增加了土壤的通透性，使土质疏松。
增加土壤有机质 连续两年施用沼渣，土壤中有机质及氮、磷、钾营养元素变化不小，既能增加土壤有机质，又能培肥土壤。
增加产量 沼肥作为一种优质有机肥，对水稻有很好的增产作用，每亩施用沼渣1000～1500公斤，并配合其他措施，水稻增产10%～18%。由此可见，沼肥的综合利用具有很好的经济效益，发展前景非常广阔，值得大力推广。
施用方法
沼渣通常在春、秋季被大量用作底肥施用，每亩施用量为1000～2000公斤。施用方法很简单，果树施于基坑内，其他作物直接施于沟、穴或撒入土壤中。
多种发酵原料的沼气池，每年大约可利用作物秸秆1000公斤(每年需大换料两次)和平均两头成年猪的粪便。这样一个户用沼气池每年大约能提供5000公斤固体浓度较高的沼渣基本满足2亩农田基肥的需要。沼液的应用可以浸种、叶面喷施和田间泼施或浇施。
施用五忌
一忌出池后立即施用。沼肥还原性强，若出池后立即施用，会与作物争夺土壤中的氧气，影响种子发芽和根系发育，导致作物叶片发黄、凋萎。因此，沼肥出池，一般先在储粪池中存放5～7天后才可以施用。沼渣与磷肥按10:1的比例混合堆沤5～7天后施用，效果更佳。
二忌不兑水直接追施。沼肥不兑水直接施在作物上，尤其用来给幼苗追肥，会灼烧作物。沼肥作追肥时要先兑水，一般兑水量为沼液用量的一半。
三忌表土撒施。沼肥施于旱地作物宜采用穴施、沟施，然后盖土。施于水田应在整地前均匀撒施于田面，然后犁地翻入底层。
四忌过量施用。施用沼肥的量不能太大，一般要比施用普通猪粪肥少，若盲目大量施用，会导致作物徒长，行间荫蔽，造成减产。
五忌与草木灰、石灰等碱性肥料混施。草木灰、石灰等碱性较强，与沼肥混合会造成氮素损失，从而降低肥效。
