生物肥料的种类不同，用法也不同。单纯生物肥料用量少，一般地每亩用量0.5-2公斤，作拌种、沾秧根或叶面喷施用。如大豆根瘤菌肥，可采用泥浆法对种子进行接种，将一份菌剂加入0.5-1份米汤调制成浆糊状拌在大豆种子上。生物有机无机复合肥，一般地每亩用量30-75公斤作基肥或种肥进行机械播种。生物有机肥 一般地用量较大，每亩施50-80公斤，作基肥应用。生物有机肥在旱田作基肥时，结合秋、春整地一次性施入。水稻田作基肥，在水耙前一次施入。
在生产、运输、使用生物肥料时，应注意以下五点：①加工生产肥料，烘干温度不应超过80度，否则影响活菌数；②在储存、运输生物肥料，应避免受潮或雨淋；③用生物肥料拌种风干时，要避免阳光直射；④使用生物肥必须考虑土壤的物理因素、化学因素和生物因素；⑤生物肥不能与种衣剂等农药、生理酸性肥料同时使用。
