苹果对土壤中各种养分的吸收主要是通过根系来进行，根层施肥一方面提高肥料利用率，另一方面可以诱导根系发生，促进苹果的生长发育。
幼树果树施基肥提倡采用环状施肥，方法为在树冠外沿向内20厘米处挖宽40厘米，深50厘米的环状沟，把有机肥与土按1∶3的比例及一定数量的化肥掺匀后填入。密植果园提倡条沟状施肥，即在树的行间或株间开沟施肥，沟宽、深（同环状沟施肥一样）。
追肥最好采用放射沟法，即从距树干50厘米处开始挖成放射沟，内膛沟窄些、浅些（约15厘米深、15厘米宽），冠边缘处宽些、深些（约30厘米深、30厘米宽），每株3～6个，依树体大小而定。将肥料、轧碎的秸秆和土混合填入沟中，然后灌水。
