根据土壤养分状况、气候条件和牧草种子生产对营养物质的需求进行合理的施肥可最大限度地提高牧草种子产量。
1、禾本科牧草种子生产中的施肥
氮肥是影响禾本科牧草种子产量的关键因素，施氮肥可增加禾本科牧草种子产量。对于禾本科牧草秋季施氮肥通常可以增加分蘖数，提高冬季分蘖的存活率，增加可育分蘖数。但秋季施氮肥不能过量，以防刺激过度的营养生长。为了增加可育分蘖数，禾本科牧草春季施氮是必要的，春季施氮可在抽穗之前进行。
2、豆科牧草种子生产中的施肥
豆科牧草的种子生产中对磷、钾肥的需要量较高。豆科牧草追施磷、钾肥最好是在花期或开花之前，往往在现蕾期追施氮肥可增加种子的产量。硫是蛋白质的组成元素，豆科牧草的生长中需要大量的硫，种子生产中保证足够的硫肥才能达到稳定和高产。
