缓释肥料的最重要特性就是可以控制养分释放速度，在施入土壤以后逐渐分解，逐渐为作物吸收利用，使肥料中的养分能满足作物各个生长阶段的不同需要，一次施用后，肥效可维持数月乃至一年。实验研究表明，缓释肥料的肥效比同类常规肥料至少高出20个百分点，能减少肥料养分特别是氮素在土壤中的损失，减少对环境的污染，有利于保护生态环境；减少施肥作业次数，节省劳力和费用；避免因过量施肥而引起的对种子或幼苗的伤害；利于提高农产品质量和食用安全。但任何事物都是一分为二的，缓释肥料自身也存在着很多不足。
养分释放难以做到与作物吸肥规律相一致。任何作物特别是粮食、蔬菜和果品等在不同的生长发育时期对养分吸收的数量是不一样的，不同的作物需肥规律也是不一样的。但就目前的缓释肥料生产技术和工艺而言，特别是受包膜材料的制约，国内外还很难生产出养分释放速率与作物特别是粮食、蔬菜和果品需肥规律相一致的缓释肥料，基本为等量释放，而且还存在着中前期释放量较大，中后期释放量较小的问题。这也是缓释肥料难以在主要农作物生产上大面积推广的主要原因之一。
肥效评价较为简单。目前对缓释肥料肥效的评价，基本是以常规性田间对比试验和生产调查为依据，效果仍采用常规性进行评价，即投入与产出之间的比对。生态效益应是缓释肥料最为主要的效益之一，这也是发展缓释肥料最重要的因素。但是，目前的田间试验条件和手段很难或者说是不可能对缓释肥料养分释放速率和养分去向进行检测的。另外，自然环境条件下对缓释肥料养分释放速率的影响是多方面的，这更增加了对缓释肥料养分释放速率和去向的检测难度。也是缓释肥料缺乏经济和环境效益定量评价的根本原因。因此，有必要进一步系统、严格地对缓释肥料田间应用肥效及在土壤中的形态转化、去向等相关方面进行评价，使缓释肥料养分释放速率更接近作物吸肥规律，实现养分利用最大化、流失最小化。
缺乏统一标准。目前关于肥料控释性能的测试方法国际上或行业间还没有一个统一的标准，因而建立对肥料缓释性能的标准测试方法，促进和保证其工业化质量势在必行。同时肥料生产技术和工艺以及在线质量检测技术还有待进一步提高，以满足缓释肥料产业化发展的需要。
成本过高。农民是缓释肥料的使用者，是缓释肥料产业能否发展的最为关键的因素之一。与常规肥料相比，缓释肥料生产成本要高出1至4倍，致使该种肥料绝大部分只用于经济价值高的花卉、草坪等生产中，限制了它的广泛使用。尽管中央一号文件中明确提到对缓释肥料使用进行补贴，但最为关键的一是国家财力能否承担起大面积使用补贴的负担，二是国家能否长期补贴下去。因此，不解决缓释肥料价格过高的问题，仅靠国家财政补贴是很难保证缓释肥料产业可持续发展的。
这些问题，不仅需要政府在缓释肥料的发展与推广上制定税收、补贴等相关扶持政策，更需要科研部门和生产企业针对目前缓释肥料存在的不足和问题，加紧科技公关加以解决，以实现缓释肥产业的可持续发展。
