按作用机类
1、狭义的微生物肥料：指通过微生物的生命活动增加植物营养元素的活性和供应量，进而增加产量，即含有肥料特性的微生物制剂，这类产品虽不具有养分，但却有肥料的功能。
2、广义的微生物肥料：该种微生物肥料略有或没有养分供应功能，但却有其他功效，如刺激植物生长或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，这类微生物肥料更应该称为“微生物制剂”而不是肥料，但现都统称为微生物肥料，在农业部统一登记备案。
按微生物种类划分
细菌肥料：如固氮细菌肥料、溶磷细菌肥料、解钾细菌肥料。
真菌肥料：该类肥料包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂两种类型，如丛枝菌根、菌根菌剂、兰科菌根菌剂。
放线菌肥料：如抗生素菌肥；
藻类肥料：如固氮蓝藻等。
按功能不同分类
根据功能不同又可分为：
溶磷微生物肥料、解钾微生物肥料、有机质分解微生物肥料等，如豆科植物接种剂和土壤磷素活化剂等。同一类功能的微生物肥料也可以是不同微生物种类的肥料，如溶磷菌肥，既可以是细菌肥料也可以是真菌肥料，因为同一微生物具有不同功能、或不同微生物具有相同功能的现象在微生物肥料界非常普遍。
按含有微生物种类的多少划分
分为单一微生物或复合微生物肥料等。
单一微生物肥料：只含有一种微生物作用的肥料。
复合微生物肥料：即多种微生物通过一定比例混合在一起所形成的微生物制剂。
微生物+有机肥=生物有机肥
微生物+化肥=生物复混肥
微生物+有机肥+化肥=生物有机无机复合（复混）肥
农业部登记的微生物肥料种类
目前农业部登记的微生物肥料产品共有：
9个菌剂类品种：根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂。
2个菌肥类品种：复合生物肥料和生物有机肥料。在剂型上分为液体和固体，固体又分为粉末和颗粒等。
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