2013年，受生产要素价格和市场价格下行“剪刀差”、市场需求不足、产能过剩等因素影响，云南省主要化肥产品出厂价格大幅下降，许多企业出现亏损，行业面临下行压力。
放眼全国化肥行业，情形大致相同。2014年及今后一段时期内，产能过剩、原燃辅料和政策性成本增加、出口不畅等因素仍将制约行业发展。尤其是近期，化肥行业遇到几个突出困难：
一是铁路运价上调，肥料运输成本进一步增加。2013年2月20日和2014年2月l5日铁路运价两次提高，化肥运价由原来的每吨千米8.26分提高到11.26分，提价幅度累计达36％。以云南为例，磷肥产品到达“三北”市场的成本增加60~90元/吨。
二是化肥出口不容乐观。尽管新的关税政策放松了化肥出口控制，但由于国际市场定价权已被进口国掌控，企业淡季出口仍然不容乐观。
三是用电成本只升不降。虽然很多地区化肥生产用电仍执行比其他行业优惠的价格，但电价逐年提高仍是普遍趋势。
化肥企业该如何突破困局？答案应该是主动谋变，加快调结构、转方式的步伐。
目前，化肥行业已基本打破地方壁垒，正在改变集中度低、产品劣质化严重、低水平市场竞争的格局，逐渐步入整合期。化肥行业已逐步形成以大型化肥企业为主导的生产经营格局，基础肥料也正向资源产地和优势 企业集中。大型企业可通过兼并重组扩大产能与市场份额，资源型企业可通过兼并重组进入产业链下游发展。
化肥行业要严格标准，抓好产业管理。要严格行业准入条件，推进行业结构调整，加大对化肥生产企业的管理力度，适时推进化肥行业能源资源消费情况公告制度，促使企业科学发展、可持续发展。对不符合规划布局和环保、安全不达标的中小企业，要实行逐步淘汰退出机制，引导大中型企业适度、科学、合理发展，鼓励企业采用先进适用技术，提高产品质量。
化肥生产企业与流通企业要加速融合、双向进入，从单一生产、流通型向生产经营型、服务型转变。未来的产业格局上游是化肥、农药生产商，中间是生产商自建或现有农资流通企业改造后的综合服务商，下游是直接的农业生产商。分散的纯粹意义上的零售商将逐步减少。
企业还要抓好配方肥的推广使用，促进农化的有机结合。要加强测土配方肥料的推广。应采取更多有效的方法，引导和提高大中型肥料企业参与的积极性，实现配方肥料的大范围推广和大面积使用。同时，结合基础原材料优势，探索农业生产与精细化工之间的联系，拓展和延伸化工产品在农业中的应用范围和领域，不断提高企业的竞争力。
