农药、化肥品种繁多，性质各异。农药有粉剂、液剂的，而化肥有挥发易爆炸的特点。所以一旦将两者放在一个仓库内，随着温度的变化，就会引起化学作用，轻则肥药失效，重则引起爆炸或中毒。
当今农村，许多农民朋友把农药化肥买回来，一般都存放在一间屋子里，这是不科学的。化肥与农药混存会产生许多不良后果。
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容易使农药分解失效
农药大多数呈中性或酸性，遇碱会发生化学反应，例如碳酸氢铵为碱性肥料，这种肥料在贮存时易挥发出氨气，再与潮湿的空气结合形成碱性物质，致使农药分解失效或破坏理化性状，造成结团结块，降低农药药效。
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容易引起爆炸或燃烧事故
比如硝酸铵在日光曝晒、撞击或高温下会发生自然爆炸;一旦遇到易燃农药也会发生燃烧现象。如果化肥和农药堆放量多时，效果将更严重。
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腐蚀农药包装
化肥与农药混存，会腐蚀农药包装，给农药使用带来不必要的麻烦。如过磷酸钙等酸性肥料在储存时，会挥发出游离酸，使仓库内潮湿的空气呈酸性，多数农药包装在酸性环境下易被腐蚀而损坏。因有些化肥和农药品种的外形很相似，在使用时很容易拿错而引起人畜中毒事故的发生。
另外，化肥不能与种子堆放在一起，也不要用化肥袋装种子，以免影响种子发芽。
