农药杀菌剂防治植物病虫草害的一种既经济又有效的方法，但是杀菌剂的使用也是要注意方式方法的，具体来说需要注意以下几个方面：
严格防止药害
杀菌剂造成药害有多种原因，一般水溶性较强的药剂容易发生药害，不同作物对药剂的敏感性也不同，例如波尔多液一般不会造成药害，但对铜敏感的作物却可能产生药害。
豆类、马铃薯、棉花对石硫合剂敏感，药害的几率较高。另外，作物在不同生长发育阶段对药剂的反应也不同，一般幼苗和孕穗开花阶段容易产生药害。
提醒：药害产生与气象条件如气温、日照等也有一定关系，一般高温干旱、日照强烈或雾重、高湿等条件下用药极易引起作物药害。
合理配制浓度
使用杀菌剂(包括水剂和可湿性粉剂)喷雾时，都需要用水将药剂配成或稀释成适当的浓度。
提醒：不同的杀菌剂其使用浓度都有特殊要求，配制浓度时一定要严格按照使用说明书操作，不可随意加大或缩小。
如果浓度过高就极易造成药害，而浓度过低则达不到用药防治病害的效果。
谨慎药物混用
不少杀菌剂为碱性农药，故不能与遇碱性物质易分解失效的杀虫剂混用。如波尔多液、石硫合剂等呈碱性，不能和1605、乐果、敌敌畏等混合使用，否则会发生中和反应而失效。
还有一些杀菌剂如多菌灵、白僵菌等不能与波尔多液、石硫合剂、托布津等杀菌剂混用，这样会造成杀虫(菌)微生物丧失生理活性或杀虫(菌)能力而失效。
当然，也不是所有的杀菌剂都不能与其他农药混用，有少数杀菌剂与农药混合后还能起到增效的作用。例如，乐果与酸性杀菌性如代森锌或可湿性硫黄或胶体硫等混用，不仅不会影响药效的发挥，反而还有提高药效的作用。
选准喷施时间
喷药时间过早不仅造成浪费，而且会降低防治效果。而喷药时间过迟，则因大量病原物已经侵入寄主或造成危害事倍功半。
因此，使用杀菌剂时应根据作物不同病害的发生规律、预测预报以及病害发生的具体情况及时用药。
通常杀菌剂的用药时间应掌握在发病前(保护用药)或发病初期(防患于未然)为佳。
掌握用药次数
杀菌剂的喷药次数主要是根据药剂残效期的长短和气象条件来确定。
一般每隔10～15天喷一次，共喷2～3次。遇特殊情况，如施药后遇雨，应及时补喷一次。
提高用药质量
杀菌剂的喷施质量包括用药数量和喷施质量。
用药数量要适宜，既不要因为用药过多增大成本、造成药害，又不要因为用药过少而无法达到用药目的。喷药时要求雾点细密、均匀，要喷遍植株茎干和叶片正反面，力求做到不漏喷。
注意规避抗药性
长期使用单一的杀菌剂(主要是内吸杀菌剂)，会导致病原物产生抗药性，即使多次重复用药也无济于事，甚至变本加厉。
