北京市每年产生1000多万吨畜禽粪便、秸秆和菜帮、菜叶等废弃物，如果将其转化为有机肥料，所产生的效益是难以用数字计算的;如不加以利用，所产生的危害同样是难以用数字估算的。
有机肥资源不加以利用的危害
污染水体：有关部门调查表明，畜禽粪便目前已成为农业面源污染的主要源。畜禽养殖场未经处理的、而且浓度很高的畜禽粪便和养殖废水直排入江河、湖泊、鱼塘或地下，导致水体严重富营养化，致使水生生物逐渐死亡，严重者水体发黑变臭，致使鱼塘及河流丧失使用功能。
污染空气：畜禽粪肥堆放场地有大量NH3、硫化物和甲烷等有毒有害气体污染，特别是距居民生活区较近的养殖场臭气污染周围环境。研究表明，本市空气中的PM2.5颗粒物中，氨的成分越来越高。其中，畜禽粪便直接排放就是主要原因之一。
传播病菌。畜禽粪便含有大量病原微生物、寄生虫卵及孳生蚊蝇，使环境中病原种类增多，病原菌和寄生虫大量繁殖，造成人、畜传染病的蔓延，尤其是人畜共患病时导致疫情发生，给人畜带来灾难性危害。
危害农田生态环境。农田长期灌溉高浓度畜禽养殖污水使作物徒长、倒伏、晚熟或不熟，造成减产甚至毒害作物出现大面积腐烂。另外，高浓度污水可导致土壤孔隙堵塞，造成土壤透气、透水性下降及板结，严重影响土壤质量。
对农产品安全产生潜在威胁。添加抗生素、激素等添加剂是饲料生产过程中必不可少的，其中多数添加剂随粪便排出。研究证实，大型养殖场产生的粪便中存在多环芳烃、有机氯类等持久性有机污染物，以及抗生素等物质，尽管没有研究证明这些物质会对食品安全是否产生影响，但长期使用此类有机肥料仍有可能对土壤造成污染。
有机肥资源不能利用的原因
据专家测算，如果将本市每年产生的有机肥资源全部转化为有机肥，仅氮素营养就达30多万吨，相当于60多万吨的尿素。但目前仅利用20%多。有机肥资源不能利用的原因有：
大型畜禽养殖场所在地多远离农业生产区域，客观上形成了农牧分离、种养脱节的现象，农业生产无法消纳大型养殖场所产生的大量粪便。
沿用传统方法进行利用，费时、费工、费力，再加之农村劳动力的减少，是根本不可能实现的。
国内外经验表明，发展商品有机肥是利用特别是大型养殖场所产生的有机肥资源最为有效的措施，但商品有机肥生产成本较高，农民难以承担，使用的也很少。
有机肥资源利用的几项建议
一是加强有机肥资源管理。美国、英国和日本等国家都从环境保护的大局出发，强调依法对有机肥资源进行管理，借鉴这些经验将有利于完善我国农业生态环境保护的法律法规体系。
二是采取财政补贴手段。发达国家经验证明了政府对商品有机肥的生产与使用给予经济补贴的效果。本市的经验也证明，通过对商品有机肥的补贴，使300万方畜禽粪便、蘑菇渣等废弃物转化为80多万吨商品有机肥。
三是制定支持政策。丰台区新发地农贸市场、延庆县康庄镇西桑园村已建立起菜帮菜叶等废弃物处理厂。其中，新发地农产品批发市场投资2700多万元建立批发市场废弃物处理厂，每日可将150吨菜帮菜叶等废弃物转化为有机肥料。但因环保等原因，至今设备仍处于闲置状态。
四是开发有机肥施用机械。英国等国家已开发出多种类型有机肥施用机械，我国有关部门应予以重视，加强有机肥生产设备和工艺、施用机械的研发工作。
