一个健康的土壤具有丰富的有机质，理想的土壤中有机质要达到5%。在一平方米的土壤面积中，不仅应该有从细菌到脊椎动物所有的生物，而且数量也很庞大，如细菌应有10万亿个，而肉眼可见的蚯蚓等也能有数百条到上千条。这些活的生物年生物量需要高达400~470公斤/亩，这样的土壤具有很强的养分储蓄能力和转化能力，也是使各种病菌片面增多的基础。
土壤有机质本身就是一个养分库，1%的有机质含各种养分18公斤左右，同时有机质表面的各种负电荷基团是土壤保肥能力的基础。有机质从 2%降低到1.5%，土壤的保肥能力将下降14%。土壤有机质是作物生长所需要的良好土壤结构形成的重要胶结物质，并因此大大增强土壤的保水能力。有数据表明，当土壤有机质从1%增加到3%，土壤的保水能力将增加6倍。
足够的土壤养分是植物健壮的基础，有助于植物构建强有力的病虫害防疫体系。作为一个生态系统，土壤直接影响着粮食生产和安全，而均衡足量的养分有助于植物构建良好的机械障碍(例如细胞壁厚度)和合成天然防御化合物 (如抗氧化剂、抗毒素和类黄酮物质)。
土壤是矿物和有机物的混合组成部分，存在着固体，气体和液体状态。疏松的土壤微粒组合起来，形成充满间隙的土壤的形式。这些孔隙中含有溶解溶液和空气 。因此，土壤通常被视为有多种状态 。
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