无论在什么设施内育苗，采用营养土方畦面直接点播，害死采用育苗钵育苗的方法，都要配制营养土。营养土的配置方法很多，不同的种植户可以根据自己的不同需要和自己的不同条件而定。原则是苗床中的营养土要肥沃，富含有机质，土质疏松，有良好的物理性状，通气性良好，保水力强，利于南瓜幼苗的生长和发育。
配制营养土的各成分均要过筛，去除杂物。在配制过程中要根据有机肥的种类、肥力和土壤等营养土各组成成分的性质来决定适宜的配比，如果肥力不足，还可加入少量的速效氮肥和磷、钾肥。但花费要于营养土充分混匀，用量要少，以免烧根。配制营养土时，一般充分腐熟的优质有机肥占30%---70%，肥田土占70%---30%，可根据肥力情况确定是否加入过磷酸钙或磷钾复合肥和尿素。为避免苗期发生猝倒病、立枯病等，园土应选择未种过蔬菜的大田土壤配制营养土，尽量避免选用多年种植过蔬菜的园土，尤其是种植过瓜类蔬菜的原图。肥田土以沙壤土最为适宜。
在土质酸性较高的地区，配制营养土时可加入适量的石灰，既起中和酸的作用，又增加土壤中钙的含量；土壤黏重的地区，营养土中可加入一定量的粗沙或蛭石，提高土壤的透水性和通气性。如果是用穴盘等育苗，可用蛭石和草炭按1:1或1:2比例配制，进行无土育苗。也可用充分腐熟的优质有机肥代替蛭石。同时每立方营养土加入复合肥2千克左右。营养土要充分混匀，并在播种前10--15天准备好，根据不同的育苗方法装入相应的育苗钵和育苗床中。
