大多数化肥易溶于水，很容易吸湿潮解，有些化肥能助燃，有毒性，在存储时必须做好防潮、防火、放热、防毒、放腐蚀等“五防”工作。
一，化肥的运输
化肥一般都有包装，运输时只需用普通的运输工具。长途运输利用火车、轮船，中途运输用汽车、拖拉机、各种人力车等。车辆要选车身干燥、版面平整、没有钉头的，以防运行途中损坏包装。车辆还要备有防雨、防晒器材，防止日晒雨淋。散装化肥运输最好用棚车和舱盖严密的船只运输。
运输途中除做好防雨、防潮之外，还须注意下列事项。1.化肥最好用专车、专船装运，不得与实务混装，以免使实务编制，引起食物中毒。对硝酸盐类化肥和有毒的石灰氮，更应注意。2.放热防晒，隔离火源。硝酸铵等肥料对热的敏感性大，属易燃易爆品，尤须注意安全。3.运输散装过磷酸钙等腐蚀性较强的化肥，要在化肥上面铺放稻草或草袋等隔离物，以避免损坏。4.装卸时，按照品种分装分卸，轻拿轻放，保持袋子的完整。
二，储存的方法
1.包装化肥的堆码方法 化肥仓库中常用的堆码有“一套二、二套三、三套四”，“一字形”及“井”字形等方法。前3种堆码方法稳固，包装之间缝隙小，比后两种方法仓用量利用率提高20%以上，堆码的高度：纸袋或单层塑料袋以8~12袋的高度适宜。堆码的大垛与小垛品种与品种之间，应留有人行道，离墙有30~50厘米的距离，便于检查、防潮和避免损坏墙壁。
2.散装化肥的储存和堆码 常见的散装化肥如或磷酸钙，稳定性虽好，但腐蚀性大，一般采用专仓或分堆储存，在库房墙壁上涂抹一层水泥防腐和用三合土地面防潮。散装化肥的堆码，可堆成宝塔形，也可通仓大堆。
3.露天储存 化肥一般不宜露天存储。但因化肥数量大、用肥时间集中时，在仓库不足的情况下，也可以采用露天暂时存放。露天存放必须防雨、防潮、密封良好。垛底一般选择地势稍高。地面干燥的地方，用条石或是你做成的马架，高出地面30厘米左右，垫上竹席获得芦席，在铺上一层塑料布，将花费堆成平稳整齐的屋脊形，然后用大幅塑料膜把整堆化肥盖好，外用绳子捆牢，做到防雨、防潮、防风。
4.在苦中分类存放 化肥品种多，性质复杂，在仓库存储时不能混堆或混存，以避免引起化学变化，降低肥效，发生事故。更不能与食物、作物种子与化肥混存在一个仓库中，以防食物变质和影响种子质量。
三，化肥仓库的安全管理
有的化肥在仓库中存放的时间较长，数量也打，应严格做好“五防”工作。
化肥仓库的库内文帝应低于30度，相对湿度以60~70%为适宜。在存储过程中，要经藏掌握库房内外的温湿度的变化情况，并及时进行调节。一般利用早晚较低时进行通风降温，夏季通风时间最好在入夜以后，以防傍晚地面蒸发的热气进入库内，在阴雨天气，库外相对湿度超过80%时，不宜进行通风。
