生物有机肥施用时应该采用增产节支、科学使用。
一.施入土层不宜过深
生物有机肥依靠其生物活性来分解有机质，其活性必须在一定温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深势必影响生物的肥的活性。因此生物有机肥应施在地表下10~15cm处为宜。
二.施用时不宜与单一化肥混施
单一化肥成分单一，施入土壤中常引起土壤酸碱度变化，如果大量施用，势必影响生物生物有机肥的生物活性，因此生物有机肥最好单独施用。
三.与农家肥、复合肥合理配比
施肥的原则是生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全、生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多，复合肥氮、磷、钾配比为15:15:15或16:16:16或17:17:17.如果选用时，一定要先计算，在配比，后施用。
四.穴施效果更好
穴施生物有机肥，一方面可快速促进活跃土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育；另一方面可缓解因有机肥不腐熟、化肥没分解形成养分的空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进团根早形成。
